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以24个苹果品种以及来自3个不同杂交组合的60个F1代结果单株为试材，对与苹果果皮颜色性状相关的DNA分子标记进行了研究。通过采用集群分类法（Bulked Segregant Analysis，BSA）对当前定位于苹果基因组图谱LG9上的所有SSR引物的分析，筛选到了一个与苹果果皮红色／非红色性状相关的SSR标记CN444542—156，该标记在红色表型上表现为隐性，在非红色表型上表现为显性。进一步分析表明，该标记对F1代单株性状预测的正确率为93.3％。