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近些年,高等院校越来越多地承担起国家重大科技基础设施的建设和运行任务,但由于起步晚、经验不足,在设施建设期的管理规则和制度上存在空白。因此将结合转化医学国家重大科技基础设施(上海)实际建设中的财务管理实践,梳理若干高等院校国家重大科技基础设施建设过程中具有代表性的资金和财务管理困难,并从财务制度、执行调度、支付方式等方面分析了原因,尝试提供可能的解决思路。