闽广唇齿相依，福建巡抚涂泽民作为坚定的“主战派”代表，始终对招抚曾一本不以为然。他给广东的咨文中指出曾一本心怀异志，提醒广东官军提高警惕，不要被阴险狡诈的海盗蒙蔽了双眼。
　　两广总督张瀚凭借多年剿寇经验和涂泽民的劝导，也没有贸然相信曾一本。张瀚把矛头直指总兵汤克宽，严辞批评他轻率寡谋，抚处失策，才导致曾一本猖獗至此，请求朝廷重新起用“素负威名”的广西总兵俞大猷带管广东总兵官事务，会同巡抚李佑合力剿寇。
　　明代著名政治家张居正此时初入内阁，极度关注闽广海防民祉，承担着统筹全国军事防御的重任。他与前线督抚将帅联系紧密，获得了大量情报后，张居正就能在千里之外，游刃有余地指挥前线战事，加之票拟大权在握，张居正随时可以以皇帝名义发布军令，确保自己的命令得到执行。
　　接到张瀚的请求，张居正和内阁诸老商议，果断将汤克宽革职处分，推补郭成出任广东总兵，而郭成抵达广东尚需时日，暂时先请广西总兵俞大猷奔赴广东视师。郭成擅长陆战，俞大猷长于水战，水陆并进，分地责成，相得益彰。
　　张居正和同僚们精心规划的人事布局并没有立竿见影，立即遏制海盗。正如福建巡抚涂泽民预见的那样，曾一本到底是贼心不改，没过多久就撕毁和平约定，率众数千，乘二百余艘战船攻打省城广州。
　　激战数日，明军又是节节败退，纵是抗倭名将俞大猷也没能抵挡过海盗。如此不堪一击的明军使得曾一本信心大涨，几场战役下来，海盗团伙对南粤的政治经济中心广州形成合围之势。
　　曾一本等海贼一路劫掠，杀死知县刘师颜。一个月后，广州一带已无油水可捞，抢得盆满钵满的海盗们回师西走，顺路进犯廉州，半年之后，他们改道进犯粤东惠州，碣石卫很快失陷。
　　当地军官看到海盗来势汹汹，不但不同心抗敌，关键时刻总有意志不坚定者倒戈叛变，东南沿海告急，偌大的帝国，因为海贼陷入空前慌乱之中。
　　面对广东战局接连失利，张居正认为，不重惩败将无以振肃军纪。张居正代表朝廷拟旨，切责了从督抚到总兵、参将等各级失职官员。
　　张瀚作为两广总督，剿贼不力确有过失，若把失败罪责全都归咎于他，未免有失公正。波诡云谲的海防危机无暇让张瀚通盘考虑整个海防布局，何况募集兵船、筹措兵饷等剿寇事宜并不完全在张瀚这个两广总督掌控之中。张翰一面上书检讨过失，一面指出体制弊端，企图重建两广总督权威，扭转事权不一的体制弊端。他举例说，军饷筹集等很多抗敌举措都是广东巡抚一手操办，两广总督完全没有参与，这样有妨安攘大计。广东地方兵马调遣、剿抚机宜与仓库积储、各衙门文武官员考核等事，皆总督职掌所系，他要求像陕西三边一样，部将听从总督管辖。
　　张瀚的奏议引起朝廷的高度重视，两广总督和广东巡抚衙门分处两地，事权分散，军务执掌不明，的确是广东多年来剿寇屡屡受挫的重要原因。只有授予两广总督更大的权限，总督、巡抚明确分工，互相合作，才有利于开展剿寇工作。
　　兵部采纳了张瀚的建议，授予两广总督统一调度之权。

阵前倒戈

　　张居正私下了解到张瀚与现任巡抚李佑不合，且李佑近来屡遭参劾，为了促使广东督抚协同作战，张居正举荐了他的湖北老乡熊桴。
　　熊桴熟知沿海民情，而且在江苏御倭有功，有着丰富的剿寇息乱经验，不失为广东巡抚的上选。此时他刚因出色政绩晋升为浙江右布政使，就被朝廷从浙江调往广东前线。
　　张居正告诫广东巡抚熊桴，必须破格整顿才能革除积弊。并建议他分清轻重缓急，暂停镇压山贼，集中力量对付海寇。
　　熊桴对此深以为然，当务之急就是剿灭海贼。他上书皇帝乞求四川、浙江尽早归还当年借用广东的军饷银两，以济大征之用。隆庆皇帝命兵部、户部派官员催促川、浙还款，不许迟误。在朝廷大力支持下，广东解决了捉襟见肘的军饷难题。
　　同时，熊桴知道如果不能争取民心，破除积弊，百姓是否能跟官府同心抗敌，会不会有更多人迫于生计而落草为寇都是未知数。为了团结百姓，他免除了乡民久拖未交的渔业盐税和嘉靖四十三年以后的带征起存钱粮，安抚深受海盗袭扰的百姓，使其发自内心地拥护平寇政策，然后带领军民造战舰一百六十艘枕戈待旦。 　　曾一本发现广东在新巡抚的治理下，蒸蒸日上，他这次选择从福建下手，率领200多艘海盗船乘风进入闽境。
　　张居正闻知消息，心中窃喜，沿海诸省招兵买马，加强海防，终于有机会和曾一本一决高下，他急命闽、广两省协力夹剿。
　　福建多年来倾全省之力兴建“闽五水寨”，扩建海军，巡抚涂泽民将本省打造的福船、盐船、龙船、艚船、八桨等船全部派上用场，亲率官军驾战船出海迎击，在柘林、马耳湾等处与海贼交战，擒斩七百人，击毁六只巨舰，数万海贼死于水火。
　　捷报很快就传到京城，这可是隆庆改元以来，明军围剿海寇的第一次胜利。兵部自以为曾一本气数已尽，东南海波已平，恳请皇帝大破常格，先给赏赐再行勘查。福建巡抚涂泽民、总兵李锡和两广总督张瀚、广东巡抚熊桴、总兵郭成五位主将都获得朝廷重赏。
　　海战胜利，功臣受赏，这本是欢天喜地之事，可这次胜仗立下头等功勋的福建巡抚涂泽民却不以为然。他致信京中大佬，指出官军虽三战连捷，但首凶曾一本未除，余党尚在，且闽、广疆域毗连，曾一本很有可能卷土重来，不可丝毫放松警惕。等大势定，通查功罪，再论功行赏也为时不晚。
　　张居正接获涂泽民的来信始知实情，他清楚认识到，此次尽管胜利，可当事者张皇奏捷，兵部假功谬赏，是比吃败仗更严重的时弊。败仗固然会挫败士气，倘若弊政不除，动摇的却是大明帝国的吏治根本。想要获得最后的胜利和国家的长治久安，就必须综核名实，赏罚分明。
　　事实再次证明涂泽民的预见是正确的，元气大伤的曾一本稍事喘息后，勾结日本稗王兵古所突犯海丰平山之间，攻破碣石、甲子诸卫所（今广东惠州）。
　　熊桴驰师亲临惠州，沿城巡视，他委任参将王诏和耿宗元各帅一个营的军队进战，并动员群众护城。在熊巡抚的鼓舞下，城内百姓群情高涨，积极配合官军保护家园。就在此时，意想不到的事情发生了。
　　参将耿宗元平素严格要求部下，战前召来部将们训话：大敌当前，惟有冲锋陷阵，战败而逃者，斩立决！
　　平日懒散惯了的裨将周云翔、廖凤、曾德久等人惊恐万分，他们毫无斗志，悄悄商量着谋乱。正当耿宗元校场阅兵時，周云翔等人趁其不备，忽然鼓噪跃起，杀死了参将耿宗元，公开叛逃。
　　看到明军未战先乱，临阵叛逃，曾一本觉得，惠城守军已不是自己的对手，在内奸的怂恿下，海盗势力向惠城发起了排山倒海式的汹涌攻势。
　　如此危急的军情，令京城大佬惊慌失措。两广总督张瀚再次成为众矢之的，给事中张卤等人交章弹劾张瀚、熊桴失职。为了平息舆论压力，张居正给予张瀚降职一级的处分，责令熊桴戴罪立功。
　　海贼在内奸周云翔的引导下，在平安山、大峒等地驻军，入掠海丰县。广东军方为雪前耻，总兵郭成等率兵奋力迎击，危难之秋，南赣巡抚张翀调兵遣将，支援邻省抗敌。张翀派参将蔡汝兰等率领南赣诸军，联合广大官兵火速奔赴大浦白云屯，进入平山，赣军和粤军两面夹攻海贼。
　　正在发力攻城的海贼们不知不觉已陷入闽、赣两省精兵的重重包围之中，原来的攻城战此时变化成了无头苍蝇一般的突围战。郭成用计诱捕了叛国投敌的周云翔，内奸终究没逃得过项上一刀。
　　双方激战一个月后，明军各部共擒斩一千三百七十五人，生擒真倭酋丘古所一人，从倭一百余人，夺回了被海盗俘虏的通判潘槐等六百余人。
　　这次的成功，举国欢庆。郭成、蔡汝兰执讯获丑，熊桴运筹制胜，张翀救灾恤邻，都获得丰厚赏赐，总督张瀚因功官复原职。
　　平山大捷并没有令张瀚感到欢欣，多年的军旅生活使他染上疾病，他向朝廷递上了辞呈。

老将出山

　　隆庆二年（1567年）秋，张瀚告病还乡，他一年前提出的事权统一之议依然振聋发聩。张居正总结多年剿寇经验发现，海贼每次进犯都是蓄谋已久。当官府在广东聚兵，曾一本就扬帆鼓栧逃到福建；官兵聚于福建，他又逃到浙江；朝廷调兵于浙江，他又复逃于广东，或北逃江苏。久而久之，官兵疲于奔命，朝廷白白耗费大量人力、财力。
　　闽广山海相连，海寇出此入彼，海防本应连为一体。平山大捷中，南赣巡抚张翀不计个人安危，毅然带兵援助临省的义举令人感动，也正是大家的精诚团结，才取得这次全胜。
　　遗憾的是，多数时候，各省在信息沟通、权责分工和兵船装备等方面存在不少分歧，官兵有彼疆此界之嫌，怀分功计利之意，心志不齐，各自为战，造成不必要的损失。
　　欲建荡平之功，不仅要将士齐心，更要加强沿海各省的分工协作。朝廷为此专门召开了廷议，张居正作为分管兵部的大学士主持会议。九卿科道一致认为，必须事权归一，而后调度可施，统驭无碍。至于统领福建、广东、广西三省军政的人选，经多方商议，隆庆二年十二月，隆庆皇帝下诏，升刘焘为右都御史兼兵部左侍郎，总督两广军务，兼理福建军务，即使是福建官兵，也听两广节制。广东、广西、福建三省之间政出多门而产生的纠葛，得到化解。
　　刘焘南征北战，戎马一生，他长期带领军队平倭靖虏，擒汪直、降徐海，屡建战功，抗倭名将戚继光年轻时就在他麾下任职。刘焘绝对是闽广总督的不二人选，朝廷希望借助他的才能和在军中的权威，稳住广东局势。
　　张居正亲自找到刘焘分析东南沿海情势，他有感于不久前发生的惠州兵变一事，认为：“广中人情多变，将领利于养寇，奸民乐于从贼”，沿海地区的用人不当、军纪不振、政令不通，才是导致海盗长期猖獗海上的根本原因。今后用人一定要慎之又慎，有好的御敌策略和请求尽可大胆向朝廷提出，内阁定会大力支持，全国人民都在翘首盼望刘总督凯旋。
　　张居正同时密信熊巡抚，刘焘已到广东履新，今后一定和他认真商讨御敌对策，闽、广两省督抚要齐心合作，共御外辱，万不可再出现令亲者痛仇者快的内讧。
　　多事之秋必须破格用人，张居正向熊桴力荐福建长乐人陈瑞出任广东按察使，协助刘总督和熊巡抚。陈瑞在山西提学使任内遇到外敌入寇，他以文臣身份勇担守城之责，死力督率，击退外敌而名噪一时。 　　新任总督刘焘一路南行，次年四月抵达福建。面对狡猾的曾一本，刘焘做的第一件事，是知己知彼。他和随从驾船南行，每到名山大川，即下船登高远眺，调查各地形势，作为用兵根据。
　　广东兵源不足且兵不习战，士兵脆弱，正是我方的致命弱点，因此，刘焘和熊桴联合请求朝廷招募五千名浙兵作为先锋。浙兵训练有素，作战技术精巧，嘉靖末年追随戚继光抗倭有功，具有丰富的海战、陆战经验。张居正也将浙兵倚为长城，他欣然批准了两人的募兵请求
　　刘焘又静心分析广贼组成，召集幕僚共商破敌大计。他认为，曾一本盘据海中，其食仰求于岸上，海上风涛惊险，船只时常修舱，才得坚固。首先应断绝其后勤支援，让沿海民众不再为其所用，然后相机进剿。
　　刘焘调广东巡抚熊桴驻扎潮州府，福建巡抚涂泽民驻扎漳州府，各带守巡兵备，专一沿海一带稽察奸民，不许与贼接济交通。监军副使张子弘和海道副使杨芷，往来海上巡历，不许奸商装载油麻、硝磺、粮米等物赴海私卖。他调广西总兵俞大猷，领战船三百只、水兵三万，防护西南，使贼不敢扬帆南去；调福建总兵李锡，领战船三百只、水兵三万，防护东北，使贼不敢鼓栧北来。广东总兵郭成，并参将王诏，调集大战船二百五十只、水兵三万，准备好乌铳、佛郎机、神枪等火器，专候进兵交战。

决一死战

　　刘焘在闽广的一举一动，北京中央政府密切关注。听闻刘总督严密的战略部署，朝廷觉得明军和海贼决战时机已经成熟。隆庆三年（1567年）夏，朝廷正式命令广东、福建督抚大力围剿曾一本。
　　闽广文武官员来到庄严肃穆的总督府商议会战时间。刘焘不急于开战，他认为海上之战要充分利用“天时地利人和”的规律。
　　众人连忙追问：“什么是天时呢？”
　　刘焘说：“今天是五月初七日（1569年5月22日）南风未起，假如海贼南逃入海，我军追赶不便；等到夏至以后南风迅發，再交战时，海贼不能南去。如果往西逃到广西，有广西战船堵截，如果往东，则有福建战船堵截，把海贼围困于海洋中，焉能不亡？现在奇正未分，旗帜未明，防御未备，怎可提前开战，把海贼逼得从南面海洋中远遁他方？”
　　刘焘站在地图前，继续分析军情：“两广位于西南，福建在东北，我们计划两省同时夹攻海盗，可是海中风向和潮水没有对两省都有利的道理。假如有利于西南作战，一定不利于西北作战；利于东北作战，必不利于西南作战。纵使一起进兵，而势有所不能者，须分别奇正关系，制定攻打的先后次序，辨明旗帜，便于冲锋。”
　　刘焘召集福建总兵李锡，广东总兵郭成和广西总兵俞大猷，将他的战术思想总结成八条，分部各方，行令诸将：
　　一、根据地理条件定下作战顺序。
　　二、审察风势海潮，划分船阵奇正，占据顺风顺流的有利方向。
　　三、禁止贩运海贼急需用品。
　　四、严密布置岗哨、防止冲突。
　　五、占据险要的地形，防止敌人逃遁。
　　六、禁止滥杀无辜，给被迫投敌的士兵开以生路。
　　七、实行厚赏以激励士气。
　　八、申明军令严明节制关系。
　　三省总兵命人将八项作战规定通行各大小衙门，接着，刘焘正式发号施令，广西总兵俞大猷部下的兵分为三大哨八小哨，在水中列阵候战。又命福建总兵李锡分为三大营，每大营有战船三十只，在水中列阵候战。
　　广东总兵郭成统领战船分为前击帮、后应帮和守营帮三帮。每帮有战船一百只，前帮负责冲锋，后帮策应，中帮守营，各司其职。又派遣参将王诏统领战船列为三艘在水中列阵候战，每艘有战船五十只。
　　在刘焘的精心部署下，明军在海上设下埋伏。李锡总兵的旗帜都用黑旗青边儿，取水生木之意；俞大猷总兵的旗帜都是用红色黄边儿，取火生土之意；郭成总兵的旗帜都是用黄色白边儿，取土生金之意；王诏参将的旗帜都是用青色红边儿，取木生火之意。三位总兵商量好，白天举旗为号，放炮三声；夜间举火为号，放炮三声。听到号炮也放炮三声以回应，如果不相同就是贼船，合兵攻击。
　　就在明军紧锣密鼓排兵布阵之际，海盗也加紧了侵犯步伐，曾一本驾大小战船五百多只，进攻沿海。此时正值夏至，盛行南风，刘总督认为风向有利，终于下令迎敌。
　　熊桴密切配合刘总督，打出手中王牌，派出抗倭老将俞大猷率两广精兵乘船出海，与李锡率领的闽船分舶，形成犄角之势。两位总兵督率兵船，驾起火炮，在福建桐山从两个方向夹击曾一本。烟焰弥天，日光昏暗，双方在海面上鏖战数日。
　　曾一本出师不利，率兵远遁而去。广东总兵郭成率参将王诏等人，兵分三路，在玄钟澳和广东莲澳合力围剿。海贼进不得逞，退无所归，只能殊死顽抗。郭成指挥各船一齐开弓，空中放起火箭，射向曾一本的战船，顿时满船火发，战船崩炸。众贼纷纷跳水，各抱木板逃生。曾一本被火烧伤后，漂流海上，被参将王诏活捉。
　　明军乘胜追击，歼灭海寇余党林凤等人，招抚被逼无奈而投贼的良民。至此，海寇息警，被海寇骚扰三十年之久的广东、福建、浙江、山东等沿海地区终于又恢复了往日的宁谧，生活在这片土地上的人民安居乐业，再无战争之扰。