鹿茸是目前唯一可以完全再生的哺乳动物附属器官,这种再生基于鹿茸再生干细胞。本研究以梅花鹿(Cervus nippon)鹿茸再生干细胞为样品,在处理方法、染色方法、蛋白纯化和等电聚焦条件4个方面对蛋白质组双向电泳进行优化。结果显示,利用Bullet Blender细胞组织破碎仪处理细胞优于超声波破碎;双染法染色能够得到更多且更清晰的蛋白点;等电聚焦总volt-hours在15 000 volt-hours时竖条纹相对较少;通过比较6种不同的蛋白提取方法与纯化方法组合,发现采用自制裂解液与双向电泳纯化试剂盒纯化相结合的方式获得的电泳图谱较好。通过综合优化后的双向电泳技术所得到的蛋白图谱中蛋白点相对较多且圆滑,条纹现象较轻,重复性较好,满足后续软件分析以及数据处理的要求,本研究为不同发育期梅花鹿鹿茸再生干细胞比较蛋白质组学研究提供了基础实验数据。