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背包问题是组合优化中很重要的NP问题。因为三链DNA的特殊结构在参与反应时可以减少计算模型的错解率，且在生化反应中利用磁珠分离法对解进行分离较方便准确，文章利用三链模型求解0-1背包问题和完全背包问题。首先将背包问题的约束条件进行分解，再将物品质量编码为DNA片段，链接反应后，利用凝胶电泳技术和三链模型检测所包含的物品组合，得到满足约束条件的物品组合，再利用此方法检测价值最大的组合，即问题的解。其他的背包问题也可用此方法来解决。