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植物转基因沉默可以发生在染色体DNA、转录和转录后三种不同的层次上，转录水平基因沉默机制涉及DNA甲基化、位置效应、重复序列、同源序列等作用。转录后水平基因沉默机制常用RNA域值模型、异常RNA模型、双链RNA模型、未成熟翻译终止模型等解释。目前没有一种通用的模型可以解释所有的转基因沉默现象，但不同模型从不同方面解释了转基因机制的某些方面。