绿色创新是突破当前资源环境约束,推动中国经济高质量增长的重要手段之一。为了实现中国企业绿色创新能力的整体提升,有必要分析中国企业绿色创新效率的区域差异,确定差异形成的具体环节及制约因素。本文考虑创新资源在两阶段的共享关联性,并将单位GDP的工业碳排放量和"三废"污染物纳入两阶段绿色创新效率研究框架,利用共享投入关联两阶段DEA模型测度2008—2015年中国工业企业绿色研发和成果转化效率;根据企业绿色科技研发与成果转化之间的关系,将各省份企业绿色创新资源利用模式分为4种类型;最后,从企业特征和区域环境等方面,利用动态面板GMM模型实证分析和检验两阶段效率的影响因素。结果表明:(1)考察期内中国企业绿色创新两阶段效率均值分别为0.794和0.904,绿色研发效率明显偏低;东部和西部企业绿色研发效率均值相对较高,而中部地区效率损失缺口高达30.6%;绿色成果转化阶段,东部地区接近于最优水平,中西部地区还有较大提升空间。(2)各省份绿色创新资源利用模式分类发现,低绿色研发低成果转化型企业占20%,主要来自中西部地区,还有46.7%的企业在绿色研发(或成果转化)阶段效率损失较大。(3)创新氛围、产学研合作、环保投入强度、外商投资有利于企业绿色研发效率的提升,绿色研发效率与知识产权保护(IPP)呈U型关系;成果转化效率与企业规模、政府支持、环保投入强度均负相关,而与IPP呈倒U型关系,当前IPP的加强有利于成果转化效率的提升。最后提出营造公平的创新环境、加强知识产权保护、严格执行污染排放限制标准等建议。