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根据基因库中单孢子虫的基因保守序列。设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针，对反应条件和试剂浓度进行优化，建立了检测单孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫的检测敏感性达到40拷贝数，比常规PCR敏感性高100倍；对派琴虫、折光马尔太虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测结果全为阴性。表明该研究建立的单孢子虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量和重复性好等优点。可用于临床单孢子虫感染的快速检测。