中医药历史悠久，数千年来凭借其特有优势与疾病抗争并延续至今。在“还原论”无法阐述的领域，分析中医药多成分多靶点的作用机制，探究“整体观”所蕴含的特殊意义，将进一步助力新药发现，实现中医药的现代化。网络药理学是连接“整体观”与“还原论”的纽带，善于从整体把握局部，近年来在中医药研究中得到广泛应用，相关文章的数量逐年上升。然而，快速发展的同时也暴露出了许多不可忽视的瓶颈问题。第一，临床基础不扎实。中药尤其是中药复方，其价值在于其临床有效性。在众多以中药复方为研究对象的网络药理学研究中，研究者常忽略中药复方在如今医疗环境下的临床有效性。中药种类众多，在配伍理论的指导下中药复方更是千变万化，有意义的研究要从临床出发，并以临床为根本探究其背后的道理。第二，网络分析基础不实。应用网络分析进行的研究一般包括数据挖掘、网络构建与分析、结果的分析与验证等过程。中药化合物数量众多，物理化学性质复杂，到目前虽已有多个中药数据库，但由于数据的来源不同，含有信息不同，更新频率不同，使得没有一个“完美”的数据库可供统一使用。第三，网络方法缺乏创新性。较之湿实验，归类于干实验下的网络分析部分受到越来越多研究者的青睐。现有许多研究均是基于网络分析，辅以湿实验验证，这类研究中，前端的网络分析占据了很重要的部分。然而，现阶段的诸多研究囿于固定的网络体系，诸如蛋白互作网络构建与分析、通路富集分析、GO功能富集分析等，一定程度上缺乏创新性，颇有流水线产品的味道。开发新方法要避免陷入工具主义，我们应首先聚焦问题并为之设计合理的解决方案，避免仅仅是软件或算法的堆叠。第四，网络分析结果的验证问题。基于网络分析所得到的结果仍属于干实验结果，其是否有效，是否值得进一步研究，仍需要经过验证，这一重要环节也往往由于各种原因被遗漏。若是验证诸如化合物对靶点产生的效应这类微观的结果，可通过设计湿实验增强研究力度，而若是一些相对宏观的研究，如探索一个方剂对某一疾病或不同疾病靶点的影响，也可以结合文献或计算等方法进行辅助验证。网络药理学作为一种新兴学科，不仅可用于中药或中药方剂的作用机制探索，也可为其他难以解决的问题提供新的思路，以下简要举几个我们课题组的例子。在中西药合用方面，目前被广泛关注的是心血管疾病领域，在医生给予患者一定量的抗血小板或抗凝药物时，患者自己有可能同时摄入具有相同功效的中药产品，如丹参，这可能会引发新的出血风险。此背景下，课题组通过结合西方药物靶点网络与丹参-川芎药对的靶点网络，应用虚拟分子对接与斑马鱼实验，在分子水平上进一步揭示了这种潜在风险（Pharmacol Res,2020,159:104963）。此外，课题组创建了一个名为Chem Generator的网络服务器，用于定向生成针对某个靶标的化合物分子，该服务器模型采用长短时记忆-自编码神经网络算法，通过训练700万个分子SMILES数据成功生成有效的化合物分子，然后通过引入迁移学习实现了针对不同靶点的定向生成，通过EGFR进行验证，为进一步探索寻找新的生物活性分子奠定基础（Brief Bioinform,2020,DOI:10.1093/bib/bbaa407）。网络药理学尚处于快速发展的阶段，尤其在中药研究方面，研究者迫切希望网络分析能帮助解释科学内涵，因此在该阶段出现各种问题也是必然的。我们应该抓住这个关键期，做研究的同时要逐步发现并解决暴露出的各个问题，也要在基于现有问题的基础上打开思维拓宽思路，使用新方法新技术解决不同的问题。