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2019年12月份起,不明原因的肺炎患者造成中国武汉疫情大暴发。通过对肺炎患者样本分析,发现了一种新型冠状病毒,目前被世界卫生组织命名为2019-nCoV。高通量测序技术的发展促进了对微生物病原的快速分析能力,当前暴发的新型冠状病毒的首次发现便是基于宏基因组高通量二代测序技术所实现的。本文就二代测序(NGS)和第三代纳米孔测序等高通量基因测序技术在新型冠状病毒中的应用进行简要阐述。