介绍了这个新学科的基本内容，其特征是ＤＮＡ标记的应用。结合我国最近几年动植物自然种群的分子研究，介绍国际分子生态学各个领域的进展：①分子生态学的技术；②分子种群生物学；③分子环境遗传学；④分子适应。实验结果显示：只要方法灵敏，ＤＮＡ具有最高水平的多样性。即使是原先认为遗传变异很少的大熊猫和野生大豆，使用灵敏的方法，也能证实生物个体遗传组成的唯一性。种群内ＤＮＡ的高度多态性，不同景观生态类型种群之间低水平遗传分化，说明自然种群绝大多数多态ＤＮＡ位点是中性、近中性突变。至今没有发现盐渍条件下植物个体耐盐性水平与多态ＤＮＡ有相关性，更证实这一点。发现少数多态ＤＮＡ位点与形态分化有关或呈明显的地理梯度，暗示其适应意义。自然种群这两种生态学功能不同的多态ＤＮＡ的存在，说明有必要重新讨论遗传多样性研究和保存中的取样策略。分子遗传研究也指导生态系统和物种的保育。文章最后从分子生物学的方法论和已经阐明的生态过程的众多分子信息提出分子生态学的新思路。建议分解生态系统，找出一个或少数物种和环境构成生态系统的基本功能单位，研究所涉及的基因及基因对基因的相互作用。进一步提议首先分析最简单的生态系统里发生的专一过程的分子细节。