改革开放30年来，我国高等教育事业获得了长足发展，教育规模迅速扩大，整体水平快速提升，科技力量不断壮大。目前，全国共有不同层级、不同类别的高校1975所，其中最商学位授予权为博士学位的245所、硕士学位的212所、学士学位的1 57所，其他高校12359所。全国各级各类高校的科研水平参差不齐。随着“211”“985”工程的实施，全国高校60％的科技经费、80％的国家级科研课题和科技成果主要集中在水平较高的五六十所研究型大学，80％的博士生也出自这些学校，而其他高等院校特别是专科院校的科研实力则相对不足。
　　笔者认为，这主要是由于我国高校在发展过程中存在以下问题：一是定位不清，盲目发展，二是没有区分管理，考核指标相同；三是学校特色与国家发展目标联系不紧密。那么，高校如何在国家创新体系中发挥更大作用?
　　首先，统筹规划、合理定位，以二级学科为基本单位，明确其在国家创新体系中的位置。教育主管部门应对不同类型高校的创新体系建设进行统筹规划，为各高校的自身定位和制定战略规划提供指南。明确界定研究型大学、教学型大学和综合性大学的分类特征与各类大学的人才培养方向，合理定位科研的比重，平衡教学和科研的关系。水平高、条件好的研究型大学或综合性大学，应多开展一些基础研究，以科研产出为侧重点；缺乏条件的综合性大学和教学型大学以及单科学院则应以培养具有较强实践能力的应用型人才为办学目标，多进行一些应用研究和技术开发。不同类型的高校，应结合自身的长期发展目标和特色优势条件，以二级学科为基本单位，明确在国家创新体系中的功能和定位。
　　其次，政府应对高校实行分类指导、分层次管理，并制定科学的考核标准和体系。要改变针对不同类型高校的各类评估基本上沿用一个标准和尺度的现状，不断完善高校的评价标准和体系。可实行按高校类型进行分类评估，不同类型和层次的高校有不同的质量标准，以形成同类高校互相竞争、不同类型高校相互补充、协调发展的格局。明确研究型大学的类型特征，把研究型大学的建设发展与创建世界一流大学的目标结合起来；通过制定分类指标体系，明确各类高校在国家高校体系中的相对位置，促进各高校更加理性地看待其发展目标，鼓励高校的特色发展方向，避免因盲目追求学校规模和学科布局“大而全”可能带来的资源浪费，还要加强对专科和职业院校的支持。
　　再次，高校应结合地方经济社会的特点確定高校办学的特色、目标、方向和人才培养模式，在国家和区域创新体系建设中发挥作用。研究型大学要结合自身优势资源和区域社会经济发展要求，整合优秀科技资源，建立自身的优势特色学科，促进学科交叉，实现人才融合和流动，建立优良的科研基地，打造尖端学科，突出研究型大学在创新建设中的支撑作用。鼓励博士型、硕士型大学与本科大学以及学院的特色发展，提升学科建设，重视科研成果的转化，打造学校品牌、专业品牌与科研品牌。还要加强对专科型以及高职院校的发展，突出其在高校创新建设中的基础作用，并根据学校办学特色、学科专业特色、课程特色，进行自身的创新体系建设，发挥在国家或区域创新体系建设中的应有作用。