【摘 要】
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目的在一代测序的基础上建立一种简易的肠道病病毒共感染鉴定方法。方法制备共感染的模拟样本，对其进行一代测序。使用Perl语言编写脚本对测序图谱进行分析，获得主峰和次峰序列。采用blastn与本地构建的肠道病毒数据库进行局部比对，同时采用stretcher进行全局比对，对主要和次要序列进行肠道病毒分型比较。结果编写了一个能够自动识别并分析一代测序色谱图结果中共感染状态并获得两个肠道病毒核苷酸序列的脚本
【机 构】
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北京市疾病预防控制中心 北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所 100013,首都医科大学公共卫生学院，北京 100069,北京市疾病预防控制中心 北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所 1000
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目的在一代测序的基础上建立一种简易的肠道病病毒共感染鉴定方法。
方法制备共感染的模拟样本，对其进行一代测序。使用Perl语言编写脚本对测序图谱进行分析，获得主峰和次峰序列。采用blastn与本地构建的肠道病毒数据库进行局部比对，同时采用stretcher进行全局比对，对主要和次要序列进行肠道病毒分型比较。
结果编写了一个能够自动识别并分析一代测序色谱图结果中共感染状态并获得两个肠道病毒核苷酸序列的脚本。对于次要病毒DNA含量大于等于65ng的混合样本，只要次要病毒在混合样本中占比适中（如大于等于12.5%并小于等于25.0%）均能够顺利识别并准确分型。分型时，采用局部比对与采用全局比对的结果相当，但在1：1混合样本的分型时，局部比对的效果更好。
结论本研究建立的肠道病毒共感染的简易鉴定方法可用于肠道病毒共感染的病毒识别与分型。
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