国民党政权时代的兵工部门，派系斗争颇为激烈，而上海兵工厂则是这种斗争趋势的开端。张群（时任上海兵工厂厂长）自称实行人才主义，委任前同济大学校长阮尚介当工务处长，又用留德学生当炮厂和枪厂主任。阮推荐了大批同济大学毕业生在厂里各部门当工程技术人员，留德派占据了主要地位。阮跃跃欲试，曾有继张群当上海兵工厂厂长的呼声。另一派则系日本留学生。因为日本东京帝国大学设有造兵、火药两科，中国学生可以入校学习。上海兵工厂里，有先在日本学过造兵、后又在美国学炼钢的李待琛和在日本学火药的林大中，他们比只学机械、化工的德国系学生，就显得是内行了。
　　两派明争暗斗，互相诋排，有如水火。张群虽然重视留日系，又用了留英、留美、留法的工程技术人员，但仍然竭力培养留德系，他后来又自兼同济大学的校长，想利用留德系作为他在国民党政权兵工部门的骨干，造成张群控制的兵工系统。
　　另一方面，在整个国民党政权时期，兵工厂的工人，因反对压迫而围攻厂长和殴击职员的事不断发生，上海兵工厂更是司空见惯。上海兵工厂从开办到国民党接班的初期，已有六十多年的历史，厂里工人相互间的关系，大都是家族亲友和师徒，甚至有祖孙三代在同一厂里工作的，因此非常团结。
　　当时正准备北伐，枪弹的需要量很大，总部要求产量增加一倍。枪弹厂是工人数目最多的一个厂。阮尚介企图乘此机会在工人中制造一种新的势力，以便要挟其他的几个厂。他介绍同济毕业的龚某充枪弹厂主任，首先宣布招添工人六百名，开昼夜两班，产品由枪弹三百万发加到六百万发的计划。这个计划的表面是为了增产，而骨子里是要招进新工人来淘汰旧工人。但工人们的感觉是十分灵敏的，已经猜透了阮的诡计，纷纷反对，势将酿成罢工风潮。
　　由于形势日趋严峻，迫使厂里的技师工头等会商解决办法。大家一致承认支持北伐，但新招工人，要经过几个月的训练才能正式工作。在训练期间，不特不能增产，反而要影响原来的产量。估计战争时间不会太久，将来又要裁减工人，势必产生纠纷。我们研究的结果，提出开两工半（即每人每天工作十七小时）增产的方案，只添临时工人数十名，对某些机力薄弱部分加开夜班，其余各部分均作一班。在行政压力和加工钱的诱惑下，工人勉强同意了。
　　我们将这个意见同龚主任商量，他坚决反对，职工们推我向阮尚介报告，他也断然拒绝了。厂内日常事务由副厂长孙葆镕处理。阮尚介骄傲自大，藐视孙不懂科学技术，不尊重孙的职权，孙含恨已久，无可如何。我将枪弹厂情形向他报告，他极力支持。这个消息传出，阮大起恐慌，一改其傲慢态度，亲自向孙恳求维持他的威信。当我将枪弹厂技师和领工等具名的书面计划提出时，孙已受了阮的运动，改变态度，推翻前议拒不批阅。适张群在办公室里，我便直接向他陈述，经过激烈争辩，张才同意了。阮尚介经此挫折，他所介绍的龚某只好辞职，孙葆镕乘机派他的外甥林某充任枪弹厂主任。厂里的职工昼夜工作，不辞艰苦，按计划完成了任务。
　　不到三个月，北伐军事结束，兵工厂奉命恢复单工，没有发生招收工人和遣散工人的困难，同时也满足了张群应付军事上的要求，而阮尚介的企图则遭到了失败。从这时起，阮尚介虽然不再被张群信任了，但他所引用的留德派工程技术人员，在以后的兵工各部门中仍然成为重要的技术骨干。
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　　同治四年（1866年）曾国藩和李鸿章等人在上海创建江南制造局。上海兵工厂原系该局的一部分，约在光绪三十一年，始将造船与造兵两部分开，分别由海军和陆军管辖。海军所辖即江南造船厂，陆军所辖即后来所称的上海兵工厂。
　　上海兵工厂的设备，在十九世纪后期，被公认是世界上第一流的。它的大型机械和特种设备，是解放前全中国公私工厂里仅有的一套。江南制造局首先打开了精尖技术大门，这是研究中国近代工业史所不能否认的。江南制造局培养了不少的技术工人，他们后来成为兵工方面最富工作经验的技师。
　　清代末叶，我国已无国防可言。辛亥革命之后，上海兵工厂长期在地方军阀割据者手中，时开时停；国民党统治时代，视之若敝履；到二十世纪三十年代，已经奄奄一息，有走向关门的趋势。上海战事结束后，上海兵工厂停办，大部分容易迁移的机器被迁到杭州闸口六和塔，设库保管。一小部分被拨归南京的金陵兵工厂，其余不便迁移的大型机器则留存原地。这些搁置不用的机器和设备在日寇二次侵占上海时，全被掠夺，高昌庙总厂的钢架厂房也被日寇拆毁，夷为平地，上海兵工厂遂成为历史上的名词，从此无踪迹可寻了。