【摘 要】
:
目的探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系,构建FRGs的肝癌预后评估模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据,应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中,采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs,单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组,Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进
【机 构】
:
天津医科大学一中心临床学院 300070天津市第一中心医院器官移植中心 300192天津市第一中心医院器官移植中心 300192南开大学医学院,天津 300074天津医科大学一中心临床学院 30007
论文部分内容阅读
目的探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系,构建FRGs的肝癌预后评估模型。
方法从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据,应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中,采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs,单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组,Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)探究预后差异的可能机制。在ICGC肝癌数据集中验证模型的可靠性。生存数据比较采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验,独立t检验比较高低评分组间的免疫细胞浸润。
结果对比肝癌和癌旁组织,从292个FRGs中,筛选8个(AURKA、LOX、FOXM1、G6PD、MAPT、SLC7A11、NQO1和STMN1)与肝癌患者总生存时间(OS)显著相关,基于此构建了肝癌预后评估模型。高评分组患者OS明显短于低评分组患者(3.148年比5.838年,χ2=15.307,P
其他文献
本文综述既往开胸心脏手术史(previousopenheartsurgery,POHS)可能给心脏移植受者带来的一些潜在风险。旨在能够更好的帮助手术医生规避围手术期可能出现的不良事件,为有POHS的心脏移植受者提供更佳诊疗方案。
原发性肝癌是我国癌症主要相关死亡原因之一,其首选治疗是手术,这是患者实现长期生存甚至治愈的唯一方法。然而,我国绝大多数肝癌患者初诊时处于疾病的中晚期,无法行根治性手术。转化治疗是近年来取得巨大发展的一项安全且有前景的治疗策略,其意义是将不可切除的中晚期肝癌或潜在可切除的肝癌转化为可切除的癌症,为中晚期肝癌患者带来延长长期预后的希望。结合文献复习及临床经验,我们总结了肝癌转化治疗的临床和基础研究现状和发展前景。
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)AURKAPS1对肝癌细胞增殖、运动迁移能力的影响。方法采用慢病毒包被质粒感染肝癌细胞构建AURKAPS1过表达细胞系,实时荧光定量PCR检测慢病毒感染后的AURKAPS1的表达量。将肝癌细胞系随机分为对照组,AURKAPS1组(对照组无任何干预,AURKAPS1组仅接受AURKAPS1干预);采用细胞计数试剂盒(CCK-8)细胞增殖实验、克隆形成和流式细胞分选方法体外检测过表达AURKAPS1对肝癌细胞增殖能力的影响;采用皮下注射裸鼠荷瘤实验体内检测过表达AURK
目的通过形态学分型研究肝细胞癌(HCC)中组织学类型粗梁型所占百分比及其对患者预后的影响。方法共收集福建医科大学孟超肝胆医院2014年至2016年间进行手术的HCC病例232例,对其进行组织学分型,记录粗梁型肝细胞癌(MT-HCC)所占百分比。并以10%~29%、30%~49%、≥50%界限值进行分组,排除所有公认的HCC亚型后,其余病例被认为是传统型肝细胞癌(CV-HCC)。收集其相关临床病理资料,并进行术后随访,使用t检验、χ2检验及Kaplan-Meier生存曲线比较MT-HCC和CV-HCC的临床
目的探讨血红素加氧酶1(HO-1)修饰的骨髓间充质干细胞(BMMSCs)对缺氧/复氧(H/R)诱导的脂肪变肝细胞损伤的作用及其机制。方法将脂肪变大鼠肝细胞(IAR20)按照实验要求分为对照组(Ctrl)、H/R组、H/R 铁死亡抑制剂组(Fer-1)、铁死亡诱导剂组(Erastin)、H/R BMMSCs(B)组、H/R HO-1/BMMSCs(HB)组、H/R HB 小干扰RNA阴性对照组(si-NC)、H/R HB 敲降GPX4组(si-GPX4)。通过检测不同组别细胞的脂质活性氧(LipidROS)
目的通过生物信息学分析C型凝集素9家族A成员(CLEC9A)在肝癌中的作用。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库的泛癌转录组数据及临床数据,明确CLEC9A在泛癌中的差异表达,继而Kaplan-Meier分析CLEC9A的表达与泛癌的总生存期和疾病特异生存期的关系,并分析CLEC9A的表达与肝癌临床病理特征的相关性。通过基因集变异分析(GSVA)和免疫组织化学方法分析验证CLEC9A在肝癌免疫微环境的作用。结果基于配对与非配对的泛癌及正常样本的差异基因分析结果,肝癌组织中CLEC9A表达水平[0.18
目的探讨AURKAPS1在肝癌细胞中的表达、功能和分子机制,为肝癌的防治提供新思路。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术对肝癌细胞系和正常肝脏上皮细胞进行检测;将肝癌细胞系随机分为空白组,AURKAPS1组、RAC1组和AURKAPS1 RAC1组,其中空白组表示肝癌细胞不进行任何干预,AURKAPS1组中的肝癌细胞仅接受AURKAPS1干预,RAC1组为转染RAC1的肝癌细胞,AURKAPS1 RAC1组表示同时转染AURKAPS1和RAC1,采用实时荧光定量PCR技术检测4组细胞中RAC1的
目的研究铁死亡是否参与大鼠骨髓间充质干细胞(BMMSCs)减轻肝硬化的过程。方法2021年6月至12月,选取10只SD大鼠(军事医学科学院动物实验中心提供)腹腔注射橄榄油12周作为对照组,另30只SD大鼠腹腔注射含40%四氯化碳(CCl4)的橄榄油混合液8周建立大鼠肝硬化模型,采用随机数表法分为模型组、BMMSCs组及小檗碱组(n=10),分别注射磷酸缓冲盐溶液(PBS)、BMMSCs及小檗碱灌胃处理4周,干预结束后检测肝脏功能,苏木精-伊红(HE)及天狼星红染色检测肝脏病理,实时定量聚合酶链反应(RT-
目的体外研究协同抑制纤维蛋白原相关蛋白1(FGL1)-淋巴细胞活化基因3(LAG-3)与长链非编码RNA(lncRNA)-T细胞免疫球蛋白黏蛋白3(Tim3)双免疫逃逸通路,联合增强T淋巴细胞活性,显著抑制HCC肿瘤细胞恶性增殖和肿瘤生长的效用及机制。方法构建敲除、稳定转染的5组人肝癌细胞株HepG2、HepG2-FGL1-KO、HepG2-FGL1-KO-Tim3(-)、HepG2-LAG-3-KO、HepG2-LAG-3-KO-Tim3(-),并以此构建5组细胞株移植瘤免疫系统人源化小鼠成瘤模型。通过
目的探讨核转运蛋白α-2(KPNA2)在肝细胞癌中的表达与预后意义及其在肿瘤免疫中的重要作用。方法分别从多平台数据库中下载肝细胞癌数据,通过R语言进行数据整理和筛选,用Wilcoxon-test进行表达差异分析,Kruskal-test和Cox回归模型进行临床差异与预后分析,最后用ssGSEA和Cibersot算法进行免疫细胞浸润与免疫功能相关研究。结果KPNA2在11个肝细胞癌样本组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P