基于RNA-seq的木霉长链非编码RNA的生物信息学预测及其重寄生相关性分析

来源 :南京农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huanglien
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[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense)NJAU4742(NJAU4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析
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