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鲫鱼（Carassius auratus）表达序列标签资源的SSR构成与分布分析

来源 :生物技术通报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：banbe0602
【摘 要】
：
分析鲫鱼EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础。从GenBank中获得鲫鱼EST序列,然后用Sequencher 4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,再通过SciRoKo 3.4软件扫描Uni-
【作 者】
：
杨曦 
【机 构】
：
广东省微生物研究所广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省华南应用微生物重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地广东省应用新技术公共实验室
【出 处】
：
生物技术通报
【发表日期】
：
2012年11期
【关键词】
：
鲫鱼 表达序列标签 EST-SSR Carassius auratus Expressed sequence tag（EST） EST-SSR 
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分析鲫鱼EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础。从GenBank中获得鲫鱼EST序列,然后用Sequencher 4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,再通过SciRoKo 3.4软件扫描Uni-EST序列中的SSR,最后得出EST-SSR的分布特征、频率和重复基元类型等特征。通过搜索共获得9 230条鲫鱼EST原始序列,通过使用计算机软件进行预处理共得到全长为3.81×106bp的无冗余Uni-EST 7 092条。在这些序列中共搜索出597个SSR位点,分布在545
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