2005～2009年对南沙湿地鸟类群落开展了监测。2005年发现50种,隶属12目26科,全年记录到总数3548只;2006年发现57种,隶属12目28科,全年记录到总数5488只;2007年发现64种,隶属12目31科,全年记录到总数5063只;2008年发现69种,隶属12目32科,全年记录到总数4251只;2009年发现73种,属12目32科,全年记录到总数4776只。鸟类群落的数量不同月份有显著的变化,说明南沙湿地秋冬季是南迁北徙鸟类重要的觅食地和栖息地。鸟类群落的种类和数量每年有增加的趋势,2008年和2009年比2005年分别增加19种和23种。鸟类群落的多样性每年在增长,2005年为2.9608,2006年为2.9869,2007年为3.1624,2008年为3.2544,2009年为3.2776,2008年和2009年比2005年分别增长了9.91%和10.7%。从2005～2009年鸟类群落的种类和数量来看,目前南沙湿地开放旅游由于限制了游客数量还没有影响到鸟类种类、数量和栖息地。