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《一个中国的原则与台湾问题》白皮书主起草人
2000年2月21日，国务院台湾事务办公室、国务院新闻办公室发表了《一个中国的原则与台湾问题》白皮书，在国际间引起巨大的反响。白皮书主起草人是有“两岸关系智囊”之称的余克礼。
余克礼当时是中国社会科学院台湾研究所的研究员、副所长。他是湖北浠水人，出生于1952年， 1982年从武汉大学历史系毕业进入台湾研究所后，一直从事台湾政治、两岸关系等问题的研究，曾主编《台湾研究论文集》、《台湾问题实录》、《海峡两岸关系概论》等著作，任《台湾研究》副主编。发表过若干篇有关台湾问题的论文，观点鲜明地反对“台独”，被台湾敌对势力称为“大陆对台强硬派学者”。
中国社会科学院台湾研究所一直被外界视为大陆台湾问题研究的核心智囊机构，这里聚集了包括许世铨、余克礼在内的近百位学术智囊，专职从事台湾政治、经济、社会、历史、文化以及和平统一与海峡两岸关系等问题的研究，多年来为决策层提供了大量有价值的两岸关系对策文案。研究所出版的刊物《台湾研究》可视为中国大陆公开发行的最权威的台湾问题研究阵地。
《一个中国的原则与台湾问题》白皮书以政府文告的形式出现，具有很强的政策性和时效性。当时身为社科院台研所正副所长的许世铨、余克礼责无旁贷地担任了主起草人。早在1993年，余克礼就参与了中国政府发表的第一份台湾问题白皮书《台湾问题与中国的统一》，这份白皮书详细阐述了台湾问题的由来、中国政府解决台湾问题的基本方针和有关政策，明确解释了“一国两制”的定义是“一个中国、两制并存、高度自治、和平谈判”，强调台湾是中国领土不可分割的一部分。而7年后的这份白皮书，是根据当时的国际国内形势，进一步向国际社会阐述中国政府坚持一个中国原则的立场和政策。明确提出，一个中国原则是中国政府对台政策的基石。
白皮书最引人注目的是提出了“三个如果”，即如果出现台湾被任何名义从中国分裂出去的重大事变，如果出现外国侵占台湾，如果台湾当局无限期地拒绝通过谈判、和平解决两岸统一问题，中国政府只能被迫采取一切可能的断然措施，包括武力来完成中国的统一大业。
为了能使更多的人正确理解白皮书的内容，余克礼曾做客人民日报社网络版“强国论坛”，与网友讨论“一个中国的原则与两岸关系的发展”，解释为什么政府不承诺放弃武力解决台湾问题。
他说，从1979年中国政府提出和平统一方针以来，就一直为实现两岸的和平统一进行积极的努力。但由于李登辉上台以后一直推行分裂路线，特别是提出“两国论”以后，使和平统一的基础遭到了破坏。当前中国的和平统一面临空前的挑战，两岸最后能否以和平的方式实现统一，关键看台湾的领导人能不能回到一个中国的原则立场上，有没有与中国大陆统一的诚意。如果台湾当局破坏了一个中国的原则，走向台湾独立，就使和平统一变得不可能。我们现在正在进行经济建设，我们需要和平的环境。我们从来不主动去挑起战争。
评论认为，余克礼研究员对白皮书的解读是相当准确和理智的，但字里行间仍不失强硬之态。这正代表了中国大陆的台湾问题专家的普遍姿态，也就是在祖国统一大业问题上没有什么可讨价还价的。
“我从北京到台湾，没有感觉离开自己家”
2000年4月19日，也就是中国政府“台湾问题”白皮书发表一个多月后，余克礼一行6人应台湾政治大学国关中心邀请对台湾进行访问。这次学术访问引爆出一场“余克礼风波”。
余克礼曾于1983年5月和1995年11月两次到台湾考察访问。1999年10月间台湾政治大学国关中心向余宛礼发出邀请并决定了次年的行程。由于余克礼是《一个中国的原则与台湾问题》白皮书的主要起草人，又被视为中央政府对台工作的重要智囊，且此行正值台湾领导人交替之际，因此深受瞩目，成为媒体采访的焦点人物。
面对台湾记者的穷追不舍，余克礼就两岸关系发表谈话。他说，当前两岸关系的发展，卡在台湾新领导人对“一个中国”原则的态度上。如果陈水扁接受一个中国原则，两岸什么问题都可以谈，两岸的前途也是光明的，包括“三通”、经贸交流等都可迎刃而解；但如果不接受一个中国原则，两岸关系的前景是不容乐观的。
他认为，北京在1979年提出“和平统一”的对台方针，是基于国民党时期蒋氏父子坚持“一个中国原则”的基础；同时，北京在1978年底与美国建交的公报中，美国也支持“一个中国”政策。
余克礼对陈水扁的表态得出两个期待：一、作为台湾的新领导人应该公开说他是中国人，到目前为止，还不曾听见陈水扁说过；二、中国只有一个，台湾是中国一部分。他强调这两个“基本点”，都要有一个态度，否则，只谈其他改善两岸关系的言论，却在发展两岸关系的基本原则前提上予以回避，效果将是有限的。
余克礼阐述中央政府的“一个中国”原则被台湾支持“台独”的媒体视为一种强硬态度。谈话第二天，台湾3家晚报的头版头条新闻就登出了余克礼的谈话内容。此后台湾“立法院”、政治人物、报章舆论开始围攻余克礼。
“副总统”吕秀莲通过台湾媒体，恶毒咒骂余克礼有关台湾新领导人应认同自己是“中国人”的讲话是“放肆”，并坚称，如果中国大陆坚持一个中国是中华人民共和国，那么台湾人当然就不是中国人，而是华人。
部分支持“台独”的媒体和个人还对余克礼作出猛烈抨击。一幅刊登在有“台独”倾向的报章上的漫画，以余克礼及吕秀莲间的争论作为题材。画中，满脸怒气的吕秀莲指着被丑化成野兽、张着大口的余克礼说：“中国的‘叫兽’(教授)来了!”建议当局对他下逐客令。
余克礼认为他在台湾成为媒体追踪采访的对象，主要是吕秀莲造成的。而作为台湾大陆政策主管部门的“陆委会”，也有意将他短暂的参访活动政治化，严重干扰了他在台湾的学术活动。
对于国民党人士胡志强“不要以为天下都是我的家”的批评，余克礼毫不含糊地反击说：“我从北京到台湾，就像从北京到广东、福建出差一样，没有感觉不是在自己家里，没有感觉离开自己家。”
事实上余克礼访台期间感受到同胞的深情厚意，他与台湾政治大学国关中心主任何思因、副主任吴钊燮及多位研究员，就台湾大选后的两岸情势和陈水扁当选后的大陆政策走向，闭门进行座谈；与亲民党有关人员见面，还拜会了台湾和统会会长梁肃戎。不但接待单位热情招待，一般民众对他也相当友善。
强烈质疑台湾“国安局”的指控
回到大陆不到半年的余克礼，怎么也没想到他再次在台湾成为热门话题。
2000年12月初，台湾“国安局”副局长在民进党团会议上称，年内来台的大陆社科院台研所副所长余克礼不仅是大陆对台政策的高层智囊，实际身份还是“中共国安部”15局副局长。这个说法经民进党立委王幸男向媒体转述后，岛内一片哗然。
一位对台情治人员熟悉的分析人士说，台当局四处招募间谍潜伏大陆，搜集情报，却动辄对大陆访客说三道四，乱扣帽子，表明了台湾当政者的阴暗心理。这位分析家进一步说，台湾“国安局”指责余克礼是大陆间谍其实只是一个说词，实际上他们不愿意看到余克礼再踏上台湾岛。因为余克礼不但是大陆两岸政策智囊团中的核心成员，而且是大陆学者中对“台独”势力持强硬态度的人士，余的强硬姿态无不影响着大陆的对台政策。所以台湾一旦宣布余克礼有大陆国安部背景，那他今后再以学者的身份访问台湾几乎是不可能的。 面对台当局的刻意栽赃、凭空捏造，余克礼在对媒体发表谈话时强烈质疑台湾“国安局”指控他为大陆情治人员到底有何目的，他认为这可能与他访问台湾时坚持大陆政策立场引发与吕秀莲论战，让台湾情治部门不满意，所以故意对他乱扣帽子。
对于社科院台研所的属性和与大陆国台办的关系，余克礼解释说，社科院是中国国务院最高的部级研究机构，台研所是社科院下辖30多个研究所中最晚成立的一个研究所，所有经费是由财政部拨款给社科院，再下拨给台研所；台研所与国台办都是国务院的机构，双方并未有从属关系，由于社科院台研所成立最早，研究人员最多，自然成为国台办最倚重的咨询和研究单位，国台办也会将一些重要研究课题交给该所处理。
为了给自己的胡乱猜测寻找依据，台方设法通过各种渠道摸清余克礼的真实身份。但得到的信息使他们失望：“国安部”与余克礼没有任何关系。
余克礼指出，台湾有关方面对大陆对台研究学者的指控，是坚持冷战思维来处理两岸关系，把学术交流“政治化”。如此做法是变相地阻挠两岸关系的正常发展。
“一国两制”不容台湾方面歪曲
1999年9月5日，美国国务院亚太副助卿谢淑丽在一个中国大陆旅美学人研讨会上，发表了一篇名为“中国永续发展之挑战”的讲演，建议中国政府对台政策改变“一国两制”的说词，而以“一国三制”显示更大的弹性，以此告诉台湾，台湾与香港是不一样的。在她看来，大陆必须在两岸议题上真正具有“政治家的创意”“胡萝卜的分量和大棒相当”，这样才能对台湾提供统一的诱因。她还要求中国大陆应放宽对台湾加入国际经济和科技组织的干预，以解决台湾问题。
针对谢淑丽的“建议”，余克礼认为，这表明谢淑丽和美国政府一样不了解“一国两制”。
在此前的1997年，余克礼在《人民日报》发表了《历史的使命·时代的要求》一文，详细解读了“一国两制”的核心问题。他认为，实现祖国完全统一最现实、合理、切实可行、对各方都有积极意义的模式，就是邓小平提出的“一国两制”的科学构想。以“一国两制”构想作为推进祖国和平统一大业的基本方针，中国政府先后同英国和葡萄牙政府谈判，成功地解决了历史遗留下来的香港、澳门问题。香港顺利回归祖国，标志着“一国两制”构想的巨大成功。香港继续维持长期的繁荣稳定，用事实进一步雄辩地证明“一国两制”方针的正确性和现实的可行性，是解决台湾问题、实现祖国完全统一的最佳模式。台湾当局应以中华民族的整体利益为重，从维护台湾同胞的切身利益出发，切实认真思考以“一国两制”模式实现祖国完全统一的问题。
在余克礼看来，“一国两制”的关键是：两岸统一后，台湾将如同香港、澳门一样，继续保留其资本主义制度，经济、社会制度及生活方式保持不变，但大陆则继续实行社会主义制度。台湾与香港都属资本主义制度，是同一回事。但在“一国两制”之下，台湾的自治程度将高于香港，包括：香港不能有军队，但台湾允许保有自己的军队及地方性防务；大陆不派任何行政人员管理台湾事务，而是由台湾当地人员进行管理。
余克礼后来在接受美国克莱蒙研究所亚洲研究中心主任汤本访谈时说，最重要的是多数台湾民众对什么是“一国两制”没有真正了解。台湾当局将“一国两制”污名化了。
他多次访问台湾，听到的是很多台湾民众以为“一国两制”就是中国大陆分掉台湾人民的财产，是统战阴谋，是大陆要吞并台湾。他说，假若真是这样，他也不赞成这样的“一国两制”。
事实上，“一国两制”就是维护现状，台湾一切不会改变。香港的“一国两制”，按照通俗的话说就是“马照跑，舞照跳”，台湾的“一国两制”，则是“股票照炒，选举照搞”，一切生活方式不变。台湾还可省下很多军费及其他经费，用来提高老百姓的福利，开展基本建设，会使台湾经济更好。
余克礼最初是研究香港问题的。香港回归前，他所接触到的香港学者很多人都不接受“一国两制”， 1998年后，他多次去香港，当年反对“一国两制”的学者态度都变了，都赞成“一国两制”。他认为，两岸要走向和平统一，只有“一国两制”。两岸人民和全球华人都反对用非和平的方式，都反对你吃掉我或我吃掉你，我们希望用和平的方式解决两岸问题。香港的发展就是例子。1997年香港回归后，在金融风暴中，在最近与大陆的贸易中，都得到了祖国大陆的支持。两岸统一后，台湾遇到了困难，大陆同样会伸出援助之手。
回到谢淑丽有关“一国三制”的说法。余克礼认为，台湾问题之所以迟迟不能解决，与美国不无关系。台湾问题的出现，实际上也有美国的因素。为了其现实利益和战略利益，美国总是用各种方式插手台湾问题，如向台湾兜售军火，以台湾来牵制中国的发展等等。
在他看来，台湾的一些人设法“傍”着美国、远离祖国大陆，这是中国人的不幸。中国历经外强侵略、半殖民统治、国内分裂割据等种种灾难，可有人还是醒不过来，宁愿给美国当帮凶，而不愿做自己的主人。但俗话说，苍蝇不叮无缝的鸡蛋。有些人，特别是那些“台独”分子，动不动就摆出一副“悲情”，可怜兮兮地乞求美国的“帮助”，企盼美国插手台湾问题，没有一点做人的尊严。实际上，你没有民族自尊，西方人也会看不起你的。你可能为得到一次过境落地签证而兴奋不已，可你只不过是人家谋求利益的工具，这真够可怜的!
余克礼研判，随着两岸交流的扩大和密切，随着中国国力的增强，美国干预的着力点会越来越少，终究会无法插手台湾问题，就像英国最终从香港完全退出去一样。
但就当前的形势，余克礼认为，无论美国方面提出何种建议，中国仍然坚持台湾问题为中国内政，不允许外力插手。他说，外国关心并促进两岸统一，中国表示欢迎；但如果想干涉内政则绝对不允许，这是中国一贯的立场与态度，谢淑丽也不能例外。
拷问“邦联制”
2001年7月7日，国民党公布了政策纲领草案的“邦联”说帖，把国民党的大陆政策定为：依循国统纲领，在“一个中国，各自表述”的九二共识基础上，追求两岸和平稳定关系，并且在台湾优先的前提下，推动阶段性的“邦联”来迈向统一。国民党主席连战在新书《新蓝图、新动力——连战的主张》中也首度提出未来两岸的融合方向，指“邦联制”是在新世纪以新思维为两岸中国人打开一扇“机会之窗”。
“邦联”说帖一公布，引起世界舆论的关注。因为这毕竟是在统独问题上与民进党争执不休的国民党提出了一个可供商讨的有关“统一”的蓝图，表明他的“统一”理想，这与民进党是截然不同的。
作为中国研究台湾问题的专家，余克礼对这一问题的表态是相当温和的。他对国民党推动两岸统一予以肯定，理解国民党的“良苦用心”。他认为连战的“邦联制”内容有两点与国际上认知的“邦联制”有所区别，一是国民党强调此为“过渡阶段”，二是“最终是走向统一”。
国民党“邦联说”帖公布后不久，国民党计划将“邦联”纳入其政策纲领，以作为连战出任党主席后具体推动“连战路线”的第一步，与李登辉的大陆政策相区别。但余克礼奉劝连战最好还是不要将“邦联制”列入党纲，因为可能会像民进党将“台独”列入党纲一样，未来在两岸交往和处理两岸政策时，容易处于被动并且缺乏弹性，可能会有后遗症，对两岸统一并不一定有助益。
余克礼坦率地告诉世界：两岸统一，邦联制不可取。
当今世界的国家结构形式基本上可以分为两大类：单一制和联邦制。单一制是由若干行政区域构成的单一主权的国家结构形式；而联邦制是由若干具有相对独立性的地区作为成员单位联盟而成的国家结构形式。两者的区别十分明显：第一，在单一制国家，地方政府是由中央政府设立的，在联邦制国家，联邦政府是由各成员单位协议建立的，各成员单位往往先于联邦政府而存在；第二，在单一制国家，地方政府的权力是中央政府授予的，中央政府可以单方面规定地方政府的权限，地方政府必须服从中央政府所代表的最高国家权力，在联邦制国家，联邦政府与联邦成员政府的权力划分由联邦宪法作出明确的规定，双方都不能单方面任意变更，对宪法的修改必须经过双方的同意和批准；第三，在单一制国家，中央政府可以变更地方政府的疆界，在联邦制国家，联邦政府不能任意改变各成员单位的疆界。 在这两种形式之外的不太普遍的国家结构形式，是邦联制。它是由若干个各自保留独立主权的国家建立的国家联盟。
联邦制和邦联制都属于复合制，两者的主要区别在于：一是联邦制国家的成员单位没有独立的主权，不具有国家的地位；而邦联的成员单位仍是独立的主权国家。二是在联邦制下，联邦宪法和法律是全国性的最高法，联邦中央政府拥有最高国家权力，可以直接对各成员单位的人民直接行使权力；在邦联制下，虽然也设有各成员国派出的代表组成的中央机关，根据各成员国的明确委托行使某些权力，但它的决定是协商式的，只有经所有成员国政府认可后才具有约束力。三是邦联各成员国人民没有共同的国籍；联邦制国家中各成员单位的人民具有统一的国籍。四是邦联不是国际法的主体；而联邦是国际法的主体。由此可见，邦联制显然违背“一个中国”原则。余克礼说，邦联制是两个以上主权国家的联合，从本质上讲不是一个统一的国家。台湾怎么能作为一个国家和中国主体部分签协议组成一个松散的国家联合?“这不是统一，而是分裂”。
中央政府负责对台工作的官员在接受记者采访时也声言反对邦联制。因为，第一，不符合我国历史传统。我国自秦汉以来，一向实行单一制的国家结构形式。第二，不符合我国基本国情，不利于国家统一、民族团结、政治稳定、地区协调。台湾历来就是我国一个省，如果以台湾作为一元，祖国大陆作为一元，实行“联邦制”，容易引发新的矛盾，留下隐患。这种统一模式并不是解决台湾问题的好办法。他指出，“一国两制”仍然是最好的两岸统一模式。后来外交部发言人章启月在外交部例行的新闻发布会上正式拒绝“邦联制”，验证了余克礼的判断。
海外分析家认为，在台湾问题上，余克礼对决策层有着相当的影响力，现在，他不但是社科院台研究所的第一号人物，还兼任中国和平统一促进会理事、中国亚洲太平洋学会理事、全国台湾研究会理事等职，与在台湾问题上同样具有影响力的许世铨、李家泉、辛旗、李亚飞等一样，成为中国大陆台湾问题研究队伍中的重量级人物。
警告陈水扁休想趁奥运会之机打“台独”主意
2003年9月28日，陈水扁在民进党成立17周年时口出狂言，要制订“台湾新宪法”，其目的是为借机实施“台独”公投制造法律依据，使全面实现“台湾独立”合法化。随后陈水扁又抛出“台独”时间表，叫嚣要在“2003年完成公投立法”“2004年实施公投”。“2006年制宪”“2008年实施新宪”。
11月11日，陈水扁授意手下举办了一个所谓的研讨会。他对着一群学者再次叫嚷“一边一国论”；鼓吹“公投”“新宪法”。
面对“台独”势力的嚣张气焰，11月21日，中国国务院新闻办公室在北京举行新闻发布会，新上任的社科院台湾研究所所长余克礼及国务院新闻办新闻局副局长郭卫民，全国台研会副会长许世铨，清华大学法学院教授、中国国际法学会副会长李兆杰等专家学者就台湾问题发表谈话。
余克礼说，“公投法”如果它含有“统独公投”的内容，将为“台独”势力搞“台独”提供“法理”依据。这意着与大陆摊牌，中国政府将被迫采取断然措施。
外界评论认为，向来说话直来直去的余克礼向台湾发出的警告是严肃的，表明大陆在台湾态度上转变得更为强硬，已经做好一切准备以应付“台独”的挑衅，包括采取“断然措施”，以武力打击分裂势力。
很多人都有这样的看法，陈水扁之所以越来越猖狂，除了有美国的撑腰外，还想钻大陆举行奥运会的空子。认为中国大陆一方面忙于经济建设，一方面要在2008年举行奥运会，无暇顾及台湾发生的问题。
在11月19日的中华全国新闻工作者协会的记者招待会上，余克礼毫不含糊地警告陈水扁之流：“台独”分子还是不要打奥运会的主意好。
余克礼说，奥运会在中国举行是中国人民盼望了很久的事情，2008年这一愿望终于可以实现，对于中国来说确实是历史上很有纪念意义的。而奥林匹克精神在一个13亿人口的大国、以奥运会的形式加以弘扬，也是对国际奥林匹克运动的一大贡献。如果少数民族败类想乘机钻空子搞“台独”，中国政府一定会采取坚决措施阻止其图谋得逞。中国政府的做法不仅将得到海内外华夏儿女的支持，也会得到国际社会的理解。
两年前，余党礼就北京申奥成功及进入世贸组织后两岸关系如何发展等问题，接受了台湾“中央社”记者专访。当记者问及“北京申奥成功是否会给两岸提供改善关系良机的问题”时，余克礼预言，虽然北京申奥成功可以为化解两岸僵局创造条件，但是两岸关系最后走向何方，最根本的还是要看台湾执政当局所采取的政策，如果台湾执政当局不接受“一个中国”原则，不接受“九二共识”，那么两岸政治僵局将很难打破。他认为，我们当然希望把奥运办好，但是台湾执政当局如果认为大陆为了办好奥运会，就可以趁机挑战“一个中国”政策或者采取什么激烈的分裂手段或动作，就将直接破坏两岸关系和平与稳定的基础，导致所有中国人都不愿意看到的后果。他同时认为，两岸入世后如果希望经贸关系能有突破性的发展，根本还是要解决政治问题，政治问题不解决，两岸经贸关系就很难取得突破性进展。
2003年11月18日，余克礼在接受新加坡《联合早报》记者采访时，以非同寻常的口吻指出：“中国将勇于面对美日军事干涉。”
余克礼在全国台研机构有“第二梯队主力”之说。这是2003年8月第12届海峡两岸关系学术研究会上，台湾政治大学中山所所长邵宗海教授的一大“发现”。当时这位年逾古稀的老前辈在会上看到包括余克礼在内的大陆老中青台研专家后，感到这个比论文更有意义的“特色”。他感慨道：在两岸关系研究领域，“第三梯队”在建立，年轻学者正在接班。他指着在台上就座、年已七旬的全国台湾研究会名誉副会长姜殿铬和50来岁的余克礼说，如果把姜先生视为“第一梯队”，余先生视为“第二梯队”那么，现在比余先生还年轻的“第三梯队”已经在成长。
邵宗海教授的说法是恰如其分的，当国内台研专家队伍中的老将如姜殿铭、许世铨、陈孔立、范希同等从台研机构的第一把手的位置上退出后，余克礼等第二梯队已开始独掌面门。第二梯队的主力队在两岸关系的研究中是活跃的力量，也是高层最看重的智囊团。而作为台研机构中级别最高的台研所所长，余克礼似乎更为引人注目。
2000年2月21日，国务院台湾事务办公室、国务院新闻办公室发表了《一个中国的原则与台湾问题》白皮书，在国际间引起巨大的反响。白皮书主起草人是有“两岸关系智囊”之称的余克礼。
余克礼当时是中国社会科学院台湾研究所的研究员、副所长。他是湖北浠水人，出生于1952年， 1982年从武汉大学历史系毕业进入台湾研究所后，一直从事台湾政治、两岸关系等问题的研究，曾主编《台湾研究论文集》、《台湾问题实录》、《海峡两岸关系概论》等著作，任《台湾研究》副主编。发表过若干篇有关台湾问题的论文，观点鲜明地反对“台独”，被台湾敌对势力称为“大陆对台强硬派学者”。
中国社会科学院台湾研究所一直被外界视为大陆台湾问题研究的核心智囊机构，这里聚集了包括许世铨、余克礼在内的近百位学术智囊，专职从事台湾政治、经济、社会、历史、文化以及和平统一与海峡两岸关系等问题的研究，多年来为决策层提供了大量有价值的两岸关系对策文案。研究所出版的刊物《台湾研究》可视为中国大陆公开发行的最权威的台湾问题研究阵地。
《一个中国的原则与台湾问题》白皮书以政府文告的形式出现，具有很强的政策性和时效性。当时身为社科院台研所正副所长的许世铨、余克礼责无旁贷地担任了主起草人。早在1993年，余克礼就参与了中国政府发表的第一份台湾问题白皮书《台湾问题与中国的统一》，这份白皮书详细阐述了台湾问题的由来、中国政府解决台湾问题的基本方针和有关政策，明确解释了“一国两制”的定义是“一个中国、两制并存、高度自治、和平谈判”，强调台湾是中国领土不可分割的一部分。而7年后的这份白皮书，是根据当时的国际国内形势，进一步向国际社会阐述中国政府坚持一个中国原则的立场和政策。明确提出，一个中国原则是中国政府对台政策的基石。
白皮书最引人注目的是提出了“三个如果”，即如果出现台湾被任何名义从中国分裂出去的重大事变，如果出现外国侵占台湾，如果台湾当局无限期地拒绝通过谈判、和平解决两岸统一问题，中国政府只能被迫采取一切可能的断然措施，包括武力来完成中国的统一大业。
为了能使更多的人正确理解白皮书的内容，余克礼曾做客人民日报社网络版“强国论坛”，与网友讨论“一个中国的原则与两岸关系的发展”，解释为什么政府不承诺放弃武力解决台湾问题。
他说，从1979年中国政府提出和平统一方针以来，就一直为实现两岸的和平统一进行积极的努力。但由于李登辉上台以后一直推行分裂路线，特别是提出“两国论”以后，使和平统一的基础遭到了破坏。当前中国的和平统一面临空前的挑战，两岸最后能否以和平的方式实现统一，关键看台湾的领导人能不能回到一个中国的原则立场上，有没有与中国大陆统一的诚意。如果台湾当局破坏了一个中国的原则，走向台湾独立，就使和平统一变得不可能。我们现在正在进行经济建设，我们需要和平的环境。我们从来不主动去挑起战争。
评论认为，余克礼研究员对白皮书的解读是相当准确和理智的，但字里行间仍不失强硬之态。这正代表了中国大陆的台湾问题专家的普遍姿态，也就是在祖国统一大业问题上没有什么可讨价还价的。
“我从北京到台湾，没有感觉离开自己家”
2000年4月19日，也就是中国政府“台湾问题”白皮书发表一个多月后，余克礼一行6人应台湾政治大学国关中心邀请对台湾进行访问。这次学术访问引爆出一场“余克礼风波”。
余克礼曾于1983年5月和1995年11月两次到台湾考察访问。1999年10月间台湾政治大学国关中心向余宛礼发出邀请并决定了次年的行程。由于余克礼是《一个中国的原则与台湾问题》白皮书的主要起草人，又被视为中央政府对台工作的重要智囊，且此行正值台湾领导人交替之际，因此深受瞩目，成为媒体采访的焦点人物。
面对台湾记者的穷追不舍，余克礼就两岸关系发表谈话。他说，当前两岸关系的发展，卡在台湾新领导人对“一个中国”原则的态度上。如果陈水扁接受一个中国原则，两岸什么问题都可以谈，两岸的前途也是光明的，包括“三通”、经贸交流等都可迎刃而解；但如果不接受一个中国原则，两岸关系的前景是不容乐观的。
他认为，北京在1979年提出“和平统一”的对台方针，是基于国民党时期蒋氏父子坚持“一个中国原则”的基础；同时，北京在1978年底与美国建交的公报中，美国也支持“一个中国”政策。
余克礼对陈水扁的表态得出两个期待：一、作为台湾的新领导人应该公开说他是中国人，到目前为止，还不曾听见陈水扁说过；二、中国只有一个，台湾是中国一部分。他强调这两个“基本点”，都要有一个态度，否则，只谈其他改善两岸关系的言论，却在发展两岸关系的基本原则前提上予以回避，效果将是有限的。
余克礼阐述中央政府的“一个中国”原则被台湾支持“台独”的媒体视为一种强硬态度。谈话第二天，台湾3家晚报的头版头条新闻就登出了余克礼的谈话内容。此后台湾“立法院”、政治人物、报章舆论开始围攻余克礼。
“副总统”吕秀莲通过台湾媒体，恶毒咒骂余克礼有关台湾新领导人应认同自己是“中国人”的讲话是“放肆”，并坚称，如果中国大陆坚持一个中国是中华人民共和国，那么台湾人当然就不是中国人，而是华人。
部分支持“台独”的媒体和个人还对余克礼作出猛烈抨击。一幅刊登在有“台独”倾向的报章上的漫画，以余克礼及吕秀莲间的争论作为题材。画中，满脸怒气的吕秀莲指着被丑化成野兽、张着大口的余克礼说：“中国的‘叫兽’(教授)来了!”建议当局对他下逐客令。
余克礼认为他在台湾成为媒体追踪采访的对象，主要是吕秀莲造成的。而作为台湾大陆政策主管部门的“陆委会”，也有意将他短暂的参访活动政治化，严重干扰了他在台湾的学术活动。
对于国民党人士胡志强“不要以为天下都是我的家”的批评，余克礼毫不含糊地反击说：“我从北京到台湾，就像从北京到广东、福建出差一样，没有感觉不是在自己家里，没有感觉离开自己家。”
事实上余克礼访台期间感受到同胞的深情厚意，他与台湾政治大学国关中心主任何思因、副主任吴钊燮及多位研究员，就台湾大选后的两岸情势和陈水扁当选后的大陆政策走向，闭门进行座谈；与亲民党有关人员见面，还拜会了台湾和统会会长梁肃戎。不但接待单位热情招待，一般民众对他也相当友善。
强烈质疑台湾“国安局”的指控
回到大陆不到半年的余克礼，怎么也没想到他再次在台湾成为热门话题。
2000年12月初，台湾“国安局”副局长在民进党团会议上称，年内来台的大陆社科院台研所副所长余克礼不仅是大陆对台政策的高层智囊，实际身份还是“中共国安部”15局副局长。这个说法经民进党立委王幸男向媒体转述后，岛内一片哗然。
一位对台情治人员熟悉的分析人士说，台当局四处招募间谍潜伏大陆，搜集情报，却动辄对大陆访客说三道四，乱扣帽子，表明了台湾当政者的阴暗心理。这位分析家进一步说，台湾“国安局”指责余克礼是大陆间谍其实只是一个说词，实际上他们不愿意看到余克礼再踏上台湾岛。因为余克礼不但是大陆两岸政策智囊团中的核心成员，而且是大陆学者中对“台独”势力持强硬态度的人士，余的强硬姿态无不影响着大陆的对台政策。所以台湾一旦宣布余克礼有大陆国安部背景，那他今后再以学者的身份访问台湾几乎是不可能的。 面对台当局的刻意栽赃、凭空捏造，余克礼在对媒体发表谈话时强烈质疑台湾“国安局”指控他为大陆情治人员到底有何目的，他认为这可能与他访问台湾时坚持大陆政策立场引发与吕秀莲论战，让台湾情治部门不满意，所以故意对他乱扣帽子。
对于社科院台研所的属性和与大陆国台办的关系，余克礼解释说，社科院是中国国务院最高的部级研究机构，台研所是社科院下辖30多个研究所中最晚成立的一个研究所，所有经费是由财政部拨款给社科院，再下拨给台研所；台研所与国台办都是国务院的机构，双方并未有从属关系，由于社科院台研所成立最早，研究人员最多，自然成为国台办最倚重的咨询和研究单位，国台办也会将一些重要研究课题交给该所处理。
为了给自己的胡乱猜测寻找依据，台方设法通过各种渠道摸清余克礼的真实身份。但得到的信息使他们失望：“国安部”与余克礼没有任何关系。
余克礼指出，台湾有关方面对大陆对台研究学者的指控，是坚持冷战思维来处理两岸关系，把学术交流“政治化”。如此做法是变相地阻挠两岸关系的正常发展。
“一国两制”不容台湾方面歪曲
1999年9月5日，美国国务院亚太副助卿谢淑丽在一个中国大陆旅美学人研讨会上，发表了一篇名为“中国永续发展之挑战”的讲演，建议中国政府对台政策改变“一国两制”的说词，而以“一国三制”显示更大的弹性，以此告诉台湾，台湾与香港是不一样的。在她看来，大陆必须在两岸议题上真正具有“政治家的创意”“胡萝卜的分量和大棒相当”，这样才能对台湾提供统一的诱因。她还要求中国大陆应放宽对台湾加入国际经济和科技组织的干预，以解决台湾问题。
针对谢淑丽的“建议”，余克礼认为，这表明谢淑丽和美国政府一样不了解“一国两制”。
在此前的1997年，余克礼在《人民日报》发表了《历史的使命·时代的要求》一文，详细解读了“一国两制”的核心问题。他认为，实现祖国完全统一最现实、合理、切实可行、对各方都有积极意义的模式，就是邓小平提出的“一国两制”的科学构想。以“一国两制”构想作为推进祖国和平统一大业的基本方针，中国政府先后同英国和葡萄牙政府谈判，成功地解决了历史遗留下来的香港、澳门问题。香港顺利回归祖国，标志着“一国两制”构想的巨大成功。香港继续维持长期的繁荣稳定，用事实进一步雄辩地证明“一国两制”方针的正确性和现实的可行性，是解决台湾问题、实现祖国完全统一的最佳模式。台湾当局应以中华民族的整体利益为重，从维护台湾同胞的切身利益出发，切实认真思考以“一国两制”模式实现祖国完全统一的问题。
在余克礼看来，“一国两制”的关键是：两岸统一后，台湾将如同香港、澳门一样，继续保留其资本主义制度，经济、社会制度及生活方式保持不变，但大陆则继续实行社会主义制度。台湾与香港都属资本主义制度，是同一回事。但在“一国两制”之下，台湾的自治程度将高于香港，包括：香港不能有军队，但台湾允许保有自己的军队及地方性防务；大陆不派任何行政人员管理台湾事务，而是由台湾当地人员进行管理。
余克礼后来在接受美国克莱蒙研究所亚洲研究中心主任汤本访谈时说，最重要的是多数台湾民众对什么是“一国两制”没有真正了解。台湾当局将“一国两制”污名化了。
他多次访问台湾，听到的是很多台湾民众以为“一国两制”就是中国大陆分掉台湾人民的财产，是统战阴谋，是大陆要吞并台湾。他说，假若真是这样，他也不赞成这样的“一国两制”。
事实上，“一国两制”就是维护现状，台湾一切不会改变。香港的“一国两制”，按照通俗的话说就是“马照跑，舞照跳”，台湾的“一国两制”，则是“股票照炒，选举照搞”，一切生活方式不变。台湾还可省下很多军费及其他经费，用来提高老百姓的福利，开展基本建设，会使台湾经济更好。
余克礼最初是研究香港问题的。香港回归前，他所接触到的香港学者很多人都不接受“一国两制”， 1998年后，他多次去香港，当年反对“一国两制”的学者态度都变了，都赞成“一国两制”。他认为，两岸要走向和平统一，只有“一国两制”。两岸人民和全球华人都反对用非和平的方式，都反对你吃掉我或我吃掉你，我们希望用和平的方式解决两岸问题。香港的发展就是例子。1997年香港回归后，在金融风暴中，在最近与大陆的贸易中，都得到了祖国大陆的支持。两岸统一后，台湾遇到了困难，大陆同样会伸出援助之手。
回到谢淑丽有关“一国三制”的说法。余克礼认为，台湾问题之所以迟迟不能解决，与美国不无关系。台湾问题的出现，实际上也有美国的因素。为了其现实利益和战略利益，美国总是用各种方式插手台湾问题，如向台湾兜售军火，以台湾来牵制中国的发展等等。
在他看来，台湾的一些人设法“傍”着美国、远离祖国大陆，这是中国人的不幸。中国历经外强侵略、半殖民统治、国内分裂割据等种种灾难，可有人还是醒不过来，宁愿给美国当帮凶，而不愿做自己的主人。但俗话说，苍蝇不叮无缝的鸡蛋。有些人，特别是那些“台独”分子，动不动就摆出一副“悲情”，可怜兮兮地乞求美国的“帮助”，企盼美国插手台湾问题，没有一点做人的尊严。实际上，你没有民族自尊，西方人也会看不起你的。你可能为得到一次过境落地签证而兴奋不已，可你只不过是人家谋求利益的工具，这真够可怜的!
余克礼研判，随着两岸交流的扩大和密切，随着中国国力的增强，美国干预的着力点会越来越少，终究会无法插手台湾问题，就像英国最终从香港完全退出去一样。
但就当前的形势，余克礼认为，无论美国方面提出何种建议，中国仍然坚持台湾问题为中国内政，不允许外力插手。他说，外国关心并促进两岸统一，中国表示欢迎；但如果想干涉内政则绝对不允许，这是中国一贯的立场与态度，谢淑丽也不能例外。
拷问“邦联制”
2001年7月7日，国民党公布了政策纲领草案的“邦联”说帖，把国民党的大陆政策定为：依循国统纲领，在“一个中国，各自表述”的九二共识基础上，追求两岸和平稳定关系，并且在台湾优先的前提下，推动阶段性的“邦联”来迈向统一。国民党主席连战在新书《新蓝图、新动力——连战的主张》中也首度提出未来两岸的融合方向，指“邦联制”是在新世纪以新思维为两岸中国人打开一扇“机会之窗”。
“邦联”说帖一公布，引起世界舆论的关注。因为这毕竟是在统独问题上与民进党争执不休的国民党提出了一个可供商讨的有关“统一”的蓝图，表明他的“统一”理想，这与民进党是截然不同的。
作为中国研究台湾问题的专家，余克礼对这一问题的表态是相当温和的。他对国民党推动两岸统一予以肯定，理解国民党的“良苦用心”。他认为连战的“邦联制”内容有两点与国际上认知的“邦联制”有所区别，一是国民党强调此为“过渡阶段”，二是“最终是走向统一”。
国民党“邦联说”帖公布后不久，国民党计划将“邦联”纳入其政策纲领，以作为连战出任党主席后具体推动“连战路线”的第一步，与李登辉的大陆政策相区别。但余克礼奉劝连战最好还是不要将“邦联制”列入党纲，因为可能会像民进党将“台独”列入党纲一样，未来在两岸交往和处理两岸政策时，容易处于被动并且缺乏弹性，可能会有后遗症，对两岸统一并不一定有助益。
余克礼坦率地告诉世界：两岸统一，邦联制不可取。
当今世界的国家结构形式基本上可以分为两大类：单一制和联邦制。单一制是由若干行政区域构成的单一主权的国家结构形式；而联邦制是由若干具有相对独立性的地区作为成员单位联盟而成的国家结构形式。两者的区别十分明显：第一，在单一制国家，地方政府是由中央政府设立的，在联邦制国家，联邦政府是由各成员单位协议建立的，各成员单位往往先于联邦政府而存在；第二，在单一制国家，地方政府的权力是中央政府授予的，中央政府可以单方面规定地方政府的权限，地方政府必须服从中央政府所代表的最高国家权力，在联邦制国家，联邦政府与联邦成员政府的权力划分由联邦宪法作出明确的规定，双方都不能单方面任意变更，对宪法的修改必须经过双方的同意和批准；第三，在单一制国家，中央政府可以变更地方政府的疆界，在联邦制国家，联邦政府不能任意改变各成员单位的疆界。 在这两种形式之外的不太普遍的国家结构形式，是邦联制。它是由若干个各自保留独立主权的国家建立的国家联盟。
联邦制和邦联制都属于复合制，两者的主要区别在于：一是联邦制国家的成员单位没有独立的主权，不具有国家的地位；而邦联的成员单位仍是独立的主权国家。二是在联邦制下，联邦宪法和法律是全国性的最高法，联邦中央政府拥有最高国家权力，可以直接对各成员单位的人民直接行使权力；在邦联制下，虽然也设有各成员国派出的代表组成的中央机关，根据各成员国的明确委托行使某些权力，但它的决定是协商式的，只有经所有成员国政府认可后才具有约束力。三是邦联各成员国人民没有共同的国籍；联邦制国家中各成员单位的人民具有统一的国籍。四是邦联不是国际法的主体；而联邦是国际法的主体。由此可见，邦联制显然违背“一个中国”原则。余克礼说，邦联制是两个以上主权国家的联合，从本质上讲不是一个统一的国家。台湾怎么能作为一个国家和中国主体部分签协议组成一个松散的国家联合?“这不是统一，而是分裂”。
中央政府负责对台工作的官员在接受记者采访时也声言反对邦联制。因为，第一，不符合我国历史传统。我国自秦汉以来，一向实行单一制的国家结构形式。第二，不符合我国基本国情，不利于国家统一、民族团结、政治稳定、地区协调。台湾历来就是我国一个省，如果以台湾作为一元，祖国大陆作为一元，实行“联邦制”，容易引发新的矛盾，留下隐患。这种统一模式并不是解决台湾问题的好办法。他指出，“一国两制”仍然是最好的两岸统一模式。后来外交部发言人章启月在外交部例行的新闻发布会上正式拒绝“邦联制”，验证了余克礼的判断。
海外分析家认为，在台湾问题上，余克礼对决策层有着相当的影响力，现在，他不但是社科院台研究所的第一号人物，还兼任中国和平统一促进会理事、中国亚洲太平洋学会理事、全国台湾研究会理事等职，与在台湾问题上同样具有影响力的许世铨、李家泉、辛旗、李亚飞等一样，成为中国大陆台湾问题研究队伍中的重量级人物。
警告陈水扁休想趁奥运会之机打“台独”主意
2003年9月28日，陈水扁在民进党成立17周年时口出狂言，要制订“台湾新宪法”，其目的是为借机实施“台独”公投制造法律依据，使全面实现“台湾独立”合法化。随后陈水扁又抛出“台独”时间表，叫嚣要在“2003年完成公投立法”“2004年实施公投”。“2006年制宪”“2008年实施新宪”。
11月11日，陈水扁授意手下举办了一个所谓的研讨会。他对着一群学者再次叫嚷“一边一国论”；鼓吹“公投”“新宪法”。
面对“台独”势力的嚣张气焰，11月21日，中国国务院新闻办公室在北京举行新闻发布会，新上任的社科院台湾研究所所长余克礼及国务院新闻办新闻局副局长郭卫民，全国台研会副会长许世铨，清华大学法学院教授、中国国际法学会副会长李兆杰等专家学者就台湾问题发表谈话。
余克礼说，“公投法”如果它含有“统独公投”的内容，将为“台独”势力搞“台独”提供“法理”依据。这意着与大陆摊牌，中国政府将被迫采取断然措施。
外界评论认为，向来说话直来直去的余克礼向台湾发出的警告是严肃的，表明大陆在台湾态度上转变得更为强硬，已经做好一切准备以应付“台独”的挑衅，包括采取“断然措施”，以武力打击分裂势力。
很多人都有这样的看法，陈水扁之所以越来越猖狂，除了有美国的撑腰外，还想钻大陆举行奥运会的空子。认为中国大陆一方面忙于经济建设，一方面要在2008年举行奥运会，无暇顾及台湾发生的问题。
在11月19日的中华全国新闻工作者协会的记者招待会上，余克礼毫不含糊地警告陈水扁之流：“台独”分子还是不要打奥运会的主意好。
余克礼说，奥运会在中国举行是中国人民盼望了很久的事情，2008年这一愿望终于可以实现，对于中国来说确实是历史上很有纪念意义的。而奥林匹克精神在一个13亿人口的大国、以奥运会的形式加以弘扬，也是对国际奥林匹克运动的一大贡献。如果少数民族败类想乘机钻空子搞“台独”，中国政府一定会采取坚决措施阻止其图谋得逞。中国政府的做法不仅将得到海内外华夏儿女的支持，也会得到国际社会的理解。
两年前，余党礼就北京申奥成功及进入世贸组织后两岸关系如何发展等问题，接受了台湾“中央社”记者专访。当记者问及“北京申奥成功是否会给两岸提供改善关系良机的问题”时，余克礼预言，虽然北京申奥成功可以为化解两岸僵局创造条件，但是两岸关系最后走向何方，最根本的还是要看台湾执政当局所采取的政策，如果台湾执政当局不接受“一个中国”原则，不接受“九二共识”，那么两岸政治僵局将很难打破。他认为，我们当然希望把奥运办好，但是台湾执政当局如果认为大陆为了办好奥运会，就可以趁机挑战“一个中国”政策或者采取什么激烈的分裂手段或动作，就将直接破坏两岸关系和平与稳定的基础，导致所有中国人都不愿意看到的后果。他同时认为，两岸入世后如果希望经贸关系能有突破性的发展，根本还是要解决政治问题，政治问题不解决，两岸经贸关系就很难取得突破性进展。
2003年11月18日，余克礼在接受新加坡《联合早报》记者采访时，以非同寻常的口吻指出：“中国将勇于面对美日军事干涉。”
余克礼在全国台研机构有“第二梯队主力”之说。这是2003年8月第12届海峡两岸关系学术研究会上，台湾政治大学中山所所长邵宗海教授的一大“发现”。当时这位年逾古稀的老前辈在会上看到包括余克礼在内的大陆老中青台研专家后，感到这个比论文更有意义的“特色”。他感慨道：在两岸关系研究领域，“第三梯队”在建立，年轻学者正在接班。他指着在台上就座、年已七旬的全国台湾研究会名誉副会长姜殿铬和50来岁的余克礼说，如果把姜先生视为“第一梯队”，余先生视为“第二梯队”那么，现在比余先生还年轻的“第三梯队”已经在成长。
邵宗海教授的说法是恰如其分的，当国内台研专家队伍中的老将如姜殿铭、许世铨、陈孔立、范希同等从台研机构的第一把手的位置上退出后，余克礼等第二梯队已开始独掌面门。第二梯队的主力队在两岸关系的研究中是活跃的力量，也是高层最看重的智囊团。而作为台研机构中级别最高的台研所所长，余克礼似乎更为引人注目。