紫菀亚科(Asteroideae)是菊科最大的一个亚科,包含的种数多于被子植物的绝大多数科。目前,紫菀亚科族间的系统发育关系主要依赖于叶绿体基因信息,但是叶绿体基因为单亲遗传,并不能完整反映进化历史。鉴于杂交现象在菊科普遍存在,故利用核基因可以反映更完整的紫菀亚科进化历史。该研究首次使用从转录组数据(20个新测+11个从NCBI数据库下载)中筛选出的47个直系同源低拷贝核基因来研究紫菀亚科的系统发育关系,共选取了29个物种,代表了紫菀亚科20个族中的13个族。用超矩阵分析方法和溯祖推测分析方法各获得了1个稳定的紫菀亚科系统树,每个树上绝大多数分支都得到了高度支持,且2个树之间没有明显的冲突。新的紫菀亚科族间系统发育关系揭示了千里光超族应并入紫菀超族,春黄菊族可能是千里光族与紫菀族杂交起源的,金鸡菊族很可能也是杂交起源的。该研究结果显示低拷贝核基因可以更好地解决科以下分类阶元的系统发育关系,对菊科乃至被子植物其它科的系统发育研究具有重要的借鉴意义。