明清时期，科举制度在进一步规范化的同时，也越来越僵化。尤其是作为当时考试文体的八股文，“其法日密，其体日变，其弊亦遂日生。”(《四库全书总目》卷一百九十)内容空洞，千篇一律，空疏无用，成为八股文的症结所在。它唯一的意义，就在于是俗众弋取功名的工具，也就是人们所说的敲门砖，一旦得第，就可以视之为敝履。这也就难怪乾隆年间编修《四库全书》时，面对汗牛充栋、难以计数的八股文章，除了仅仅收录方苞奉乾隆皇帝之命选编的《钦定四书文》，用作“士林之标准”之外，其他的八股文文字，“悉斥不录”。
　　明朝末年，对八股文的抨击已经非常尖锐。明朝的灭亡，提醒士人反省，很多人把责任都归咎于八股文。明朝亡国后，有人就写下了这样的语句嘲讽：“谨具大明江山一座、崇祯夫妇两口，奉申贽敬，晚生文八股顿首。”雍正年间死于文字狱的吕留良，在《真进士歌》中也说：“仕宦重科目，莫与进士比。进士尔何能，能作八股耳。其间盖多不能者，一行作吏无须此。三百年来几十科，科几百人印累累。如今知有几人名，大约尽同蝼蚁死。人言蝼蚁可怜虫，我言凶恶如虎兕。谨具江山再拜上，崇祯夫妇伴缄贶。”(《东庄诗存·伥伥集》)吴江著名中医徐大椿的《刺时文》说：“读书人，最不济，烂时文，烂如泥。国家本为求才计，谁知道变做了欺人技。三句承题，两句破题，摆尾摆头，便道是圣门高弟。可知道《三通》《四史》，是何等文章?汉祖、唐宗，是哪一朝皇帝?案头放高头讲章，店里买新科利器。读得来肩背高低，口角嘘唏。甘蔗渣儿，嚼了又嚼，有何滋味?辜负光阴，白白昏迷一世。就教他骗得高官，也是百姓朝廷的晦气。”(《随园诗话》卷十二)
　　与社会上的讥笑讽刺一样，学术界对八股文的批判也毫不留情。倡导实学的颜元，认为以八股文取士，不仅不能选拔到真才，反而会将学者引入歧途，贻误人才。“八股行而天下无学术，无学术则无政事，无政事则无治功，无治功则无升平矣。故八股之害，甚于焚坑。”(《习斋言行录》卷下)顾炎武的说法与颜元如出一辙，在他看来，泛滥全社会的所谓八股文，不过是一些辗转抄袭、没有根据的空话。一些有钱的人家，往往事先拟题请人代作，让子弟先行记诵熟习，进入考场之后，只是抄誊而已。无论是得第之前还是之后，都不曾阅读经典。在他看来，“八股之害，等于焚书；而败坏人才，有甚于咸阳之郊所坑者但四百六十余人也。”秦始皇焚书坑儒，不过坑杀了460名儒生，而八股文败坏的，则是一代又一代的人才。正因为自清朝伊始，全社会上上下下如此看待，以八股文为核心的科举制度，在清朝也就开始了它僵而不死、死而复生、终至灭亡的行程。
　　由于索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四位“赳赳武夫”的辅政大臣的决定，康熙二年，朝廷以“八股文章，实于政事无涉”，下诏以后的乡试和会试，由原来的考三场减为两场，废除了八股文。并以首场的时务策，作为考试的主要内容。但有不少人认为，考生通过八股文“阐发圣贤之微旨”，考官则能够观察到考生的“心术”，如果不用经书为文，人们就会将“圣贤之学”置于一边而不讲，八股文有不可替代之大用。深受儒家思想熏陶、对汉文化有很深造诣的康熙皇帝，深知八股取士对于控制、驾驭士人思想的意义和作用，康熙六年亲政之后，次年即“命乡会试复以八股文取士”，在被停止了两科之后，八股文又卷土重来。
　　雍正年间(1723)，又有人提出要废止八股文。雍正皇帝就此征询张廷玉的意见，张廷玉说：“若废制义，恐无人读《四子书》讲求义理者矣。”(《清稗类钞·考试类》)张廷玉办事练达，慎密周详，深为雍正皇帝所倚重，他的意见，使八股文得以躲过一劫。
　　乾隆三年(1738)，兵部侍郎舒赫德上书皇帝，认为科举考试徒尚空言，不适实用。这一制度本来就不是什么精良的制度，加上迁延日久，积弊日深，侥幸日众，已经是积重难返。他请求废除八股文，“别思所以遴拔真才实学之道。”乾隆皇帝将舒赫德的意见交大臣们讨论。礼部和鄂尔泰都认为，科举制度的确存在着种种弊病，八股文的浮华无用也昭然若揭，但自明朝以来，就用八股取士，至今已经四百年。人们明明知道它问题多多，而守之不变，因循数百年，就是因为废止之后，没有更完善的“良法美意”代替它，没有更好的善后手段。再进一步说，“时艺所论，皆孔孟之绪言，精微之奥旨。参之经史子集，以发其光华；范之规矩准绳，以密其法律。虽日小技，而文武干济、英伟特达之才，未尝不出乎其中。”(《清史稿·选举志》)科举制度选拔到了不少的人才，同样也是不争的事实。即使“圣人”立法，也不能尽善尽美，关键在于“在因时而补救之”。他们认为，不是补偏救弊，循名责实，力除积习，杜绝侥幸，而是将其废止，这样矫枉过正，“不已过乎”?当时鄂尔泰主持国政，他“力持议驳”，坚决反对舒赫德的意见，科举制和八股文得以苟延残喘。
　　乾隆后期，因方苞奉敕编纂的《钦定四书文》通行既久，学写八股的人，大多抄袭浮词，不知根底。而一些抄袭之人，也得以被录取，甚至名次也很靠前。侍读杨述曾又上奏折，请求废除八股文，以杜绝文字抄袭之弊。最后朝廷只严责考试官，并没有对八股文痛下杀手。
　　可见在清朝前期，历经康熙、雍正、乾隆三代，都有人提议取消八股文。但因为同时有一支更为强大的反对力量，特别是废除之后，没有更完善的制度来代替，取缔的意见，要么被搁置不见采行，要么只做修改，稍微调整，即便一时废除了，也依然能死灰复燃。
　　清末戊戌年间，梁启超等联合百余名举人，连署上书，请求废除八股文，但都察院和总理衙门都拒绝代奏。接着，康有为利用他“专折奏事”的权利，上奏了《请废八股试帖楷法试士改用策论折》。康有为认为，变法的当务之急在于得人才，而要得人才，首先要改革科举制度。在科举制度还不能立即废除的情势下，要先废弃用八股文、试帖诗等考试的方法，而改试策论，使应试者“本经原史，明中通外”“救空疏之宿弊，专有用之问学”。光绪皇帝采行了康有为的建议，在百日维新期间颁布上谕：“自下科为始，乡会试及生童岁科试，向用《四书》文者，一体改试策论。”(《清德宗实录》光绪二十四年)戊戌政变之后，新政化为泡影，八股取士制度又被恢复。但过了三年，光绪二十七年十月，再次颁布了废除八股文的上谕。规定从第二年开始，乡试和会试，头场试中国政治史论5篇，二场试各国政治、艺学(科学技术)策5道，三场试《四书》义二篇、五经义一篇。综合三场考试的成绩，以定去取，不得偏重一场。“一切考试，凡《四书》《五经》义，均不准用八股文程式。”(《清德宗实录》光绪二十七年)延续了约500年的八股 文，到这时终于寿终正寝。
　　自鸦片战争以来，科举制度经受了前所未有的挑战。如何适应新形势的需要，革新科举考试的形式和内容，成为至关重要的课题。八股文的被废止，是清末科举考试形式的革命性变化，可以称得上是五百年未有的变局，而科举考试的内容，也有根本性的变化。
　　清末科举考试内容的变革，突出体现在增加新的考试科目，把算学、经济特科等近代全新的内容，纳入了古老的科举制度之中。1875年，礼部奏请增加算学的考试科目，由于着力强调算学是传统“六艺”之一，在我国古已有之，不属西洋专利；最后得以被采行。1898年1月，贵州学政严修奏请设立“经济特科”，专门考取通晓天下利弊、中外交涉、擅长制造测绘等有一技之长之士，戊戌新政期间，这一建议被采纳。戊戌政变后，慈禧临朝听政，此科以“易滋流弊”之名被废罢。经历庚子败逃的惨痛教训之后，清朝政府意识到了全面推行新政、革除传统弊政，才是唯一的自救之道，因而又下诏开经济特科。光绪二十九年，经济特科在保和殿正式开考。考试分为两场，每场都试一论一策，首场入选者，才可以参加下一轮的复试。这一次被一些学者称之为“已具有一定的现代文官考试的性质”的考试，录取了27人。
　　科举制度深深扎根在中国社会的土壤里，在古代中国大多数人的心目中，具有至高无上的地位。经过欧风美雨的冲刷，清朝末年，这一制度即便已经处在风雨飘摇之中，一下废除它，还是难以为人们所接受。但由于科举与学校争人才，争资源，科举不废，学校难兴。针对这种两难的情形，张之洞提出了逐步减少科举中额的办法。由于科举考试严重不适应新形势，造成了深重的社会弊端，革其命是必然的选择。在不能骤然废止的情势下，也要酌情变革，从量上做文章，分科逐渐递减录取的名额，为它的最终灭亡创造条件。为此，他先后与刘坤一、袁世凯、张百熙和荣庆等人联名上奏，提出了具体步骤和办法。即从1906年丙午科开始，每科递减中额的三分之一，10年后到壬午科时完全减尽。这一办法得到了朝廷同意，准备照此办理。
　　但清末国家的危亡日甚一日，兴学图强时不我待，科举一天不停，学堂之兴就一日无望，10年之路显然是过于漫长。日俄战争爆发后，光绪三十一年(1905)八月二日，张之洞、袁世凯等六名地方督抚联名上奏，指出中国的“危迫J隋形，更甚曩日，竭力振作，实同一刻千金”，如果等10年以后再停科举，“强邻环伺，岂能我待?”要求雷厉风行，立即停罢科举。八月四日，清廷发布上谕：“自丙午科为始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试，亦即停止。”(《光绪政要》卷三十一)中国历史上延续了1300年的科举制度，就这样被送进了历史的博物馆。
　　
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