农村股份经济合作社实现农村集体资产从"共同共有"向"按份共有"的产权制度转变。为了对农村股份经济合作社治理进行系统阐述,通过构建分析其治理结构、机制及主要模式的框架,为农村集体经济组织产权制度改革、农村集体经济发展提供理论依据和决策参考。结果表明,农村股份经济合作社通过构建外部地方政府协同、内部"三会"制衡的组织治理结构,完善股权设置与管理的股权安排、按股分红与激励的利益分配、责任与民主的监管监督等治理机制,创新以分散经营为突破口的"总社/联社—分社"、"分社→法人"、项目化公司、终止退出等治理模式,对促进集体资产增值、维护农民利益具有重要作用。在如何改、改什么的改革深化完善阶段,农村股份经济合作社应处理好如何加快完善相关立法进程、明确经济职责范围、创新决策治理机制等核心问题。