30多年前，受制于农药和育种技术，农民种水稻往往要“靠天吃饭”。那时，刚开始读研的何祖华目睹了发生在浙江东辉山区的一幕：蔫黄的水稻顶着白穗，整块稻田颗粒无收。从此，他下定决心，要和稻瘟病“死磕”到底。
　　除了喷农药，抗击稻瘟病就只剩一条路可走——筛选出水稻抗病基因进行育种。“稻瘟病就像流行性感冒。”何祖华说，一方面，由于不同地域的病原菌一般不同，目前已有的25个抗稻瘟病基因做不到“包治百病”，并尚不能向全国推广。另一方面，如果把这些抗病基因整合到一个品种里，虽然抗病性提高了，但“大补”后水稻的产量和品质会打折扣。
　　为了解决这个长期困扰育种界的瓶颈问题，何祖华于2002年开始与育种家展开合作，广泛筛选广谱持久的抗病基因。此时，他正式“打响”了抗击稻瘟病的第一枪。
　　为了筛选抗病基因，何祖华带学生邓一文等到浙江、海南、湖南、湖北等主要水稻种植区实地考察。每到播种、插秧、收获等关键时间节点，何祖华都会亲自下田，不但指导学生观察性状，还常去各种病圃观察抗性情况。
　　筛选基因位点的工作量巨大，一般人很难想象。仅是建立基因组文库这一项，团队就筛选出几万个基因组进行克隆。
　　2006年，他们终于鉴定出了一个几乎能对抗稻瘟病所有变异病菌的基因位点Pigm。而后，何祖华团队又花了10年时间来系统解析这个位点的作用机制。
　　为了进一步研究Pigm基因位点的抗病机理，何祖华团队和各地的病理学专家合作，已做了几十万株接种实验，但仍未找到能侵染该基因的病原菌小种。“既高兴又失落。”何祖華如是形容自己的心情。