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结合行业发展动态,确定科技企业孵化器运营绩效评价的投入产出指标,将创业导师数、获得风险投资企业数作为DEA分析的部分指标,运用DEA方法对北京、上海、广州三地46家国家级科技企业孵化器的运营效率进行比较分析。通过实证分析认为,广州市科技企业孵化器运行效率较好,提高北京市、上海市的公共服务平台投资和孵化基金利用效率,会有效地改善两地区的科技企业孵化器运营效率。