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AFLP 和RAPD 标记技术是近年来发展最快的基于PCR 基础上的两种DNA 标记技术，本文比较了两种标记技术在我国栉孔扇贝群体遗传多样性研究中的应用。共筛选20 个RAPD 引物和7个AFLP 引物组合，检测到AFLP 标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于RAPD 标记，但AFLP 标记在每单位分析中扩增到的野生和养殖群体的多态性条带数（23.8 ，24.8 ）分别高于RAPD标记（ 5.6,5.6），AFLP多态性检测效率显著高于RAPD 标记。AFLP 和RAPD 两种标记技术所揭示的野生种群与养殖群体间的近交系数、遗传距离两项指标均表明，我国栉孔扇贝养殖群体和野生种群之间尚未出现明显的遗传分化。研究结果表明： RAPD 和AFLP 这两种标记技术均可用于栉孔扇贝遗传多样性的分析，其分析结果是一致的。