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水解蛋白质的酶在工业上有广泛的用途。食品工业中，蛋白水解酶用于肉的软化和奶酪制作；农业领域中，蛋白水解酶被加到饲料中以增加喂养效率；医学上对这些酶的应用包括酶诊断和酶治疗（尤其是在外科手术中，如治疗烧伤）；蛋白质化学的研究中，蛋白水解酶作为工具广泛用于研究蛋白质和多肽的一级结构。另外，蛋白酶是研究酶活性位点结构、活性调节，解决其他酶学和分子生物学重要问题的理想对象。因此，寻找高活性蛋白酶的新来源仍是一个重要的课题。