洞庭湖区湿地的生态环境在调蓄洪水、调节气候、涵养水源、净化水质、维护生物多样性等方面具有重要的作用。但是,多年来由于人类不合理的开发利用,给湖区湿地生态系统带来了许多负面影响,致使湿地生态环境严重退化。目前,洞庭湖区湿地存在诸多问题,主要表现在:湖区环境污染日益加剧;生物多样性减少,珍稀物种濒危;泥沙淤积严重,湖泊萎缩,洪水水位升高,调蓄功能下降;水文环境趋于恶化,洪涝灾害日益频繁;血吸虫病盛行,疫区面积有扩展趋势;湿地生态质量下降,功能衰退。针对这些问题,提出:严格控制环境污染,切实做好洞庭湖水质监测工作,保护湖区湿地水环境;实施退田还湖和生态防护工程,减少泥沙淤积,确保湖泊蓄洪、分洪功能;因地制宜,综合治理,恢复湿地生态系统结构和功能;强化生态保护的教育,提高人口素质,加快对湿地保护的立法;优化湖区产业结构,走可持续发展之路;加强流域统一管理,建立跨区域生态管理模式等对策,以期洞庭湖区湿地生态环境得到恢复并向良性方向发展。