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目的采用实时荧光聚合酶链反应（PCR）法检测手足口病患儿病原体。方法收集433例疑似手足口病患儿的粪便标苯进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型（EV-71）和柯萨奇病毒16型（CA-16）鍪别与分析。结果实时荧光PCR法检测433例患儿肛拭子标本使用通用型试剂盒检出366例阳性，其中66例为EV-71感染，151例为CA-16感染。结论EV-71和CA-16肠道病毒是手足口病的主要病原体，该地区2011年以CA-16感染为主。实时荧光PCR技术对手足口病的病原诊断具有重要价值。