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隐孢子虫（Crytosporidium）属于顶复合器亚门，孢子虫纲，球虫亚纲，真球虫目，艾美球虫亚目，隐孢子科，隐孢属。Tyzzer 1907年首先在实验小白鼠的胃肠中发现隐孢子虫，经形态学观察和交叉传递研究认为只有鼠的隐孢子虫和火鸡隐孢子虫2个种，也有认为鼠隐孢子虫中的微小隐孢子虫是独立的一个新种。