在所有制改革、计划经济体制向市场经济体制转变、国企改革等经济研究领域，他多次突破理论禁区，为中国经济改革大胆谏言
　　董辅的主要研究领域是社会主义再生产理论、经济体制改革理论、发展经济学等，其中，经济体制改革理论在中国产生重要影响。
　　他的经济体制改革理论主要包括四方面内容：
　　一，对传统经济体制及经济理论的批判。70年代末，董辅对传统经济体制及经济理论的批判，主要集中在对传统国家所有制的批判。1979年1月发表的论文《关于我国社会主义所有制实现形式问题》中，董辅指出传统国家所有制形式的四大弊端：(1)国家政权的行政组织取代经济组织，企业成为国家各级行政机构的附属物，难以实行独立自主经营；(2)国家行政组织直接指挥企业的经营活动，以政代企，容易产生官僚主义；(3)企业领导人由政府任命，只对上级机构负责，往往不关心行政指令的经济合理性；(4)企业劳动者未能与生产资料紧密结合，劳动者不能从经济利益上关心本企业的经营状况。
　　董辅还指出农村集体经济采取“政社合一”的所有制形式，使集体经济从属于国家的行政组织，具有变相的国家所有制形式的特点。他对传统国家所有制形式的批判及改革的一些建议，是在十一届三中全会以前提出的，当时，生产资料所有制问题是理论禁区。他的理论观点，对经济体制改革的推进和社会主义经济理论的发展产生了重要影响。
　　二，关于所有制改革。董辅认为所有制改革是经济体制改革最深层次的内容，不改革所有制，经济体制各方面的改革都不可能成功。国家所有制形式本身是排斥商品生产的，国家所有制使国有企业不能成为独立经营的商品生产者，不能自负盈亏，患有预算软约束的先天痼疾。在经济体制改革中只注意经济管理方法的改变，而不进行所有制形式的改變是舍本逐末。经济体制改革的实质在于改革全民所有制的国家所有制形式。
　　董辅在《再论我国社会主义所有制形式问题》(1985)等论文中指出，有些人主张扩大企业自主权，只改变企业的经营方式不改变全民所有制，赞成农村家庭联产承包改革，只改变农村集体所有制经济的经营方式不改变农村集体所有制，这种认识的错误在于，以为变革社会主义所有制形式会改变社会主义经济性质，不愿意在经济体制改革中触及社会主义所有制形式问题，对于农村经济体制改革中已经出现的农村集体所有制形式的改革视而不见，这种认识对改革的深入进行是不利的。经济体制改革必须变革社会主义所有制形式是不必讳言的。
　　董辅注重所有制改革的理论主张及其在改革初期首先提出的“公有制有多种实现形式”、“混合所有制”等理论概念及观点，在十多年以后召开的中共十五大报告中得到确认。
　　三，关于从计划经济体制向市场经济体制转变。改革一开始，董辅就主张废除指令性计划，指出指令性计划体制存在严重缺陷，没有实现也不可能实现传统社会主义理论所标榜的优化资源配置、实现经济平衡发展的功能。
　　董辅主张彻底否定指令性计划，意味着从根本上摒弃计划经济，走向市场经济。他一直坚持反对保留指令性计划，不同意当时占有主导地位的“计划经济为主，市场调节为辅”、“计划经济与市场经济相结合”等提法，也反对把双重体制的并存作为改革的目标，明确指出资源配置只能由一个机制即市场机制来全面调节，在市场经济中起作用的指导性计划已不是传统意义的计划，而是以市场为基础，以市场为中介，对市场的一些不足及失效起补充和纠正作用。
　　1992年中共十四大确立社会主义市场经济体制为改革目标，董辅进一步指出，市场经济不是只存在于社会主义初级阶段，不是一种权宜之计，生产力越发展，各方面经济联系越复杂，优化资源配置越要以市场机制为基础。
　　四，关于国有企业改革。董辅自提出国家所有制形式必须改革起，就提出国有企业必须改革，改革的关键是国有企业的所有制形式。他认为，市场取向改革的推进客观上要求国有企业成为真正的市场竞争主体。董辅发表《我国国有企业的改革》(1987)等论文，认为采取所有权与经营权相分离的做法不触及国家所有制，不足以使国有企业成为完全自主经营、自负盈亏的商品生产者，不能解决企业自负盈亏问题，所以承包制不能成为国有企业的改革目标。这种看法后来被改革实践证明是正确的。
　　董辅在论文《从企业功能着眼，分类改革国有企业》(1995)中提出，在社会主义市场经济中，保有和发展公有制经济、国有企业、是为了发挥其主导作用，不应着眼于数量。在保持和发展国有企业的上述功能的前提下，许多国有企业可以通过各种途径改变为民营企业、合营企业和股份企业等。这一理论及政策主张，是他改革初期提出的所有制改革理论的逻辑延伸，其推进国有企业按市场经济方向改革的积极作用，为中共十五大以后国有经济实施战略性调整的实际进展所印证。