一、 1405年郑和远航开始之谜
　　
　　长久以来，关于明成祖朱棣为什么要派郑和下西洋一直是史学界争论较多的话题。一种说法是派郑和下洋，是为了寻找下落不明的建文帝。夺得自己亲侄子江山的成祖对失踪的建文帝生死不明耿耿于怀，“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之……命和及其侪王景弘等通使西洋”。（《明史》）但是这种说法在明朝就有人提出质疑，明朱国桢《皇明大政记》中就有：“建文仁弱，帝座一倾，窜入蛮夷中，其何能为，文皇帝岂不见及此。”
　　还有一种说法，明成祖因为用不太合法的方式取得帝位，所以要派使通洋，告谕天下，自己奉天承运，君临华夏。现在也有人认为明成祖其实是想重建一种中国式的万邦臣服、四夷来朝、宗主华夏、共享天下太平的帝王理想才派郑和放舟西洋的。事实上，这些说法都不太令人信服，也经不起深究细想。1405年开始的大明舰队七下西洋的目的和动机到底是什么，成了一个有待历史解答的谜。
　　
　　二、 郑和是否到达过澳洲甚至早于哥伦布发现了美洲并环游了世界
　　
　　 有关郑和航海的线路、行程和所访问的国家是郑和研究中争论最多最复杂也是最有趣的问题。根据已知史料的记载，我们知道在七下西洋的历程中，郑和船队访问过大约30多个亚非国家，最远到过东非海岸。
　　英国海军退役军官、历史学家加文·孟席斯花了14年时间，足迹遍及120多个国家、900多个博物馆、档案馆、图书馆，于2002年出版了《1421年：中国人发现美洲》一书并且宣称：郑和早就到达过澳洲而且早于哥伦布发现了美洲并环游了世界。
　　孟席斯称曾看过一张绘制于1459年的地球平面图，上面已经有南部非洲和直到1497年才被达·伽马发现的好望角，地图上还用中世纪腓尼基语标记道：1420年有人绕过好望角航行至贝尔德岛角，旁边还画着一艘中国大帆船。为此，孟席斯找到早于库克、麦哲伦、达·伽马和哥伦布时期的中国星空图与地图，通过这些图，他绘制了1421~1423年间郑和远洋船队的航行路线，据此推断，郑和率领着装有珠宝、丝绸和瓷器的多桅巨船进行了第一次环球航行，比哥伦布早70年抵达美洲大陆。 孟席斯说：尽管我的研究看起来与历史相悖，但我对自己的立场很有信心。一直没有人能解释清楚为什么欧洲探险家手中有地图，是谁绘制了这些地图？海洋面积有千百万平方英里，绘制海图需要出动大批舰队。你说，如果不是拥有世界上最大舰队的中国人，还能是谁？孟席斯还宣称：1421年，由洪保所率领的一支郑和船队分队，曾抵达澳洲西南海岸，对沿海地区做了勘探，制作了地图；另一支由周满率领的郑和船队分队则在澳洲东南海岸登陆，对到达地区做了勘探并制作了地图。因此，是郑和船队发现了澳洲。孟席斯说商人尼科洛·孔蒂在印度登上了一艘中国船，将这些地图带到了威尼斯。孔蒂在1434年出版的游记中声称，他曾经由澳大利亚去过中国，比库克船长早350年。1428年，在去威尼斯的路上，葡萄牙国王的长子得到了幸存的地图，并将其绘入世界地图。达·伽马、麦哲伦和库克曾使用过这些地图的复印件，其中包括巴塔哥尼亚(绘于1513年)、北美洲(绘于1507年)、非洲(绘于1502年)、亚洲和澳大利亚(绘于1542年)的地图，包括哥伦布在内的欧洲探险家们的信函和航海日志，表明他们是有地图的，在出发前就知道要去哪里。 当哥伦布到达美洲时，竟看到这里已生活着先前到达的黄皮肤的中国人，有的地方聚居的中国人后代多达上万人。许多地方有中国巨大的沉船遗骸和中国特有的瓷器。墨西哥人已经掌握了中国独有的漆术。拉美的一些鸡种是欧洲所没有的，只能来自中国。当地人学会了中国人传去的水稻等农作物的种植技术。
　　孟席斯的研究突破了中国学者传统上仅仅依靠本国历史记载和考古发现作为主要依据的思路框架。我国史学界肯定了孟氏研究郑和历史的新思路，即从古航海图和实物论证方面入手，而非仅限于研究历史遗留下来的文字记载，但是有关说法尚需科学求证。如果孟席斯的观点能够成立，那么，世界地理发现史、航海史将重新书写。
　　
　　三、 贮存在大明兵部的郑和出海档案消失之谜
　　
　　郑和故去后，宣德帝诏令：“下西洋诸番国宝船悉令停止”，“各处修造下番海船悉令停止”，仅仅过了三四十年，当朝的明宪宗偶动下洋念头，却发现一向贮存在兵部的《郑和出使水程》(也就是郑和七次航海出使的全部档案)突然“人间蒸发”掉了，此事发生在明宪宗朱见深(1464～1487)成化年间。明人严从简所著笔记《殊域周咨录》中有比较详细的记载：永乐二十三年，仁宗即位，从前户部尚书夏原吉之请，诏停西洋取宝船，不复下蕃。宣德中虽开，至正统初复禁。成化间，有中贵迎合上意者，举永乐故事以告。诏索《郑和出使水程》。兵部尚书项忠命吏入库检旧案，不得。盖先为车驾郎中刘大夏所匿。忠笞吏，复令入检。三日，终莫能得。夏秘不言。忠诘吏，谓：“库中案卷宁能失去？”大夏在旁对曰：“三宝下西洋，费银粮数十万，军民死者且万计，纵得其宝而归，于国家何益？此特一弊政，大臣所当切谏者也。旧案虽有，亦当毁之，以拔其根，尚何追究其有无哉？”忠竦然听之，降位曰：“君阴德不细，此位不久当属君矣！”夏后果至兵部尚书。
　　到底被刘大夏藏匿的《郑和出使水程》下落何方，从此成为一大谜案。记载着郑和及其部属将近30年远航的用生命和心血创造的航海经验以及有关国防机密的珍贵史料就这样不见了，造成了中国航海史上的一大段空白，湮没了郑和及其部属在几十年惊涛骇浪中取得的进步，阻滞了中国航海事业的发展，影响了中国明清两代的海防实力，也使得百余年来中国和世界各国的郑和研究者由于确切史料的匮乏而好似雾中看花，从而歧见迭出，争论不休，许多重大问题迄今没有定论。不能不说，始作俑者罪通于天！
　　
　　 四、 郑和掌握着怎样的先进航海科技使远航成为可能
　　
　　20世纪下半叶，航海科技已有了十个重要标志，分别是：船舶大型化、专业化、高速化、自动化，导航定位电子化，避碰自动化，海图电子化，航海资料数字化，通信卫星化，航行记录数字化。据有关专家的考证，600年前，郑和的舰队已拥有了船舶大型化、专业化两大项；在速度、机械动力方面，也处于当时领先；最为先进的则是导航系列，是世界发现最早的航海图《郑和航海图》。郑和下西洋折射出中国先进的航海科技，表现在三个方面：《郑和航海图》、天文航海技术和地文航海技术。《郑和航海图》记载了530多个地点名，其中域外有300余个，最远达东非，标出了船队航线上的城市、岛屿、滩、礁、航海标志和航路等，实用性胜过西方最早的《波特兰海图》。郑和舰队还应用了最先进的航海天文定位技术，运用了罗盘、计程计、测深仪等航海仪器，船队航线达56条。郑和船队到底拥有多少在当时非常先进的科技手段和设备，才使得他的七下西洋成为可能，一直是科技史学者、舰船和航海研究者关注的一大谜案。
　　
　　 关于郑和七下西洋的历史未解之谜还有很多
　　
　　 美洲发现的中国古船用的石碇是什么年代的，谁带去的?
　　郑和船队的分宗航海是怎样航行的，为什么有些船比船队晚回来好几年，这些船队到了什么地方?
　　明史记载的巴喇西国是南半球国家，距中国遥远，是否就是巴西? 1511年巴喇西国使臣来中国访问，路上共约11年，出发时间应该是1499年，巴喇西国是怎样知道中国的，是否确实见到了中国人和中国船?
　　是郑和最早发现了南极大陆吗？
　　“唐人街”是郑和下西洋形成的吗？
　　水果之王榴莲是郑和下西洋时命名的吗？
　　郑和七下西洋是否加速了明王朝的衰落？
　　郑和七下西洋是否成为中华文明鼎盛和衰落的分水岭？