【摘 要】
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目的 分析2012-2018年人与骆驼来源的中东呼吸综合征(MERS-CoV)的密码子偏爱性关系.方法 使用ENC-Plot、中型绘图、PR2绘图、聚类分析等方法对MERS-CoV各蛋白编码序列进行分
【机 构】
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云南省昆虫生物医药研发重点实验室(大理大学),云南大理671000;大理大学基础医学院病原生物学综合实验室
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目的 分析2012-2018年人与骆驼来源的中东呼吸综合征(MERS-CoV)的密码子偏爱性关系.方法 使用ENC-Plot、中型绘图、PR2绘图、聚类分析等方法对MERS-CoV各蛋白编码序列进行分析.结果 人与骆驼来源的MERS-CoV,其各蛋白ENC分别在52.16-55.81、54.47-56.31之间.且两者均偏爱以A、U结尾的密码子(RSCU＞1)约占88.27％、78.20％,UUU、UUG、CUU、AUU、UCU、AAU、GAA、AGU、AGG、GGU为二者共有的偏爱密码子.ENC-Plot、中型绘图、PR2绘图显示影响两宿主来源的MERS-CoV密码子使用偏性的因素以自然选择为主,突变次之,且自然选择对人源MERS-CoV的作用更大.基于密码子偏爱性的聚类分析显示,2018年度人源MERS-CoV的多数蛋白与骆驼来源MERS-CoV聚类;此外,2017年流行株骆驼来源MERS-CoV有7个蛋白均不与其他年份流行株聚类,提示当年密码子偏爱性发生较大改变.结论 人与骆驼来源的MERS-CoV的密码子使用偏性均一,主要受环境选择的影响.2017年前后骆驼来源MERS-CoV多数蛋白密码子偏爱性发生变化,因此需加强骆驼来源MERS-CoV的监控,以防止在人群中的大范围流行.
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