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长洲岛共有野生维管植物237种,隶属于73科184属。植被类型以次生常绿阔叶林为主,其次为灌丛群落。植物区系以热带亚热带植物地理成分占优势,热带性质明显。该岛的植物区系与邻近岛屿植物区系具有极大的相似性,在香港植物区系组成中占有一定地位。由于人为活动和外来植物的影响,其植物多样性及植被的保护应引起注意。