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开展本科生科研训练是我国深化高校创新创业教育改革、培养创新人才的一项重要举措,但关于本科生科研组织管理机制的理论和实证研究都比较缺乏.本研究通过对6所不同类型高校的管理者和学生开展质性访谈,结合对教育主管单位和各高校相关文本资料的分析,发现我国本科生科研训练管理机制存在政府对高校以行政管控为主、高校内部职能部门间协同合作度不高、校方职能部门对基层院系指导监管不力、管理部门对师生缺乏科学评价和有效激励机制等问题.现有“行政管控”模式难以有效调动相关多元主体的积极性和创造性,亟待通过构建本科生科研训练“协同治理”体系,实现高校内部与高校外部、行政系统与学术系统、管理者与广大师生的协同,确保项目的有效实施并提高训练效果.