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依据评价指标筛选的基本原则，构建了适合于全面推广时期以后的农村合作医疗评价指标体系。并在此基础上，运用因子分析法，对内蒙古自治区12个盟市新型农村合作医疗的运行效果进行了综合评价。结果发现，内蒙古各盟市新型农村合作医疗的总体发展不平衡；其发展受制于经济发展水平的制约；部分盟市运行效果综合值偏低。