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采用正交设计对大豆孢囊线虫ISSR-PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物),在4个用量水平上进行优化试验。结果表明:大豆孢囊线虫ISSR-PCR的最佳反应体系为在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL) 0. 34μL、模板DNA 1. 2μL、d NTPs(2. 5 mmol/L) 1. 5μL、引物(10μmol/L)0. 8μL、10×PCR Buffer 2. 5μL。引物PTY26最适退火温度为55℃。用引物PTY188和PTY888对大豆孢囊线虫最佳ISSR-PCR的反应体系进行验证,结果表明该反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。