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小秦岭自然保护区共计有苔藓植物53科128属281种10变种2变型.其中苔类植物19科22属37种2变种1变型;藓类植物34科106属244种8变种1变型.其区系的基本特征是:地理成分多样,区系联系广泛;以温带性质为主,但有较明显的热带残遗性和亲缘性;隶属于华北植物区系,但兼有多种区系成分,体现了本区苔藓植物区系南北过渡,东西交汇的特征.