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虽说再生水现在已达到了城市杂用水水质的要求标准，但其源水是污水，在使用安全方面人们仍存在疑虑，如回用水中的营养物质浓度和组成（氮磷比），是否会导致水体富营养化：长期回用，水中的重金属污染物是否会在水体中产生积累，是否含致病性的微生物和病原菌：是否会散发异味或臭味；有毒物质的含量会不会对树木草地的生长产生破坏等。为确保再生水水质安全，北京京城中水有限责任公司投资300万元，于2005年1月成立了“再生水水质监测中心“。