目的调查扬州地区结核分枝杆菌(MTB)对利福平(RFP)与异烟肼(INH)耐药基因突变位点分布特征。方法采用DNA-微阵列芯片法对2015年8月至2017年8月该院收治的结核病患者痰涂片抗酸染色阳性且聚合酶链反应-荧光探针鉴定为MTB的标本、传统结核培养鉴定为MTB的分离株标本、聚合酶链反应-荧光探针法检测鉴定为MTB且CT值小于30(Hu)的各类标本中提取的MTB核酸进行RFP与INH耐药基因检测。结果去除重复检测者共检测369例,MTB核酸检测阳性346例,其中耐RFP 48例(13.9%),耐INH 78例(22.5%),对二者同时耐药33例(9.5%)。RFP rpo B基因耐药位点分布为531位点占50.0%(24/48),526位点占37.5%(18/48),511位点占8.3%(4/48),516位点占4.2%(2/48);INH RFP rpo B基因耐药位点分布为315位点占75.6%(59/78),INH inh A基因耐药位点分布为-15位点占23.1%(18/78),其中kat G基因315位AGC→ACC联合inh A基因-15位C→T突变1例(1.3%)。结论扬州地区MTB对RFP与INH耐药基因突变位点以kat G的531位点和526位点、kat G的315位点为优势突变位点。DNA-微阵列芯片法操作简单、快速、灵敏度高,可作为当前该地区临床分枝杆菌耐药筛选的重要手段。