目的分析柯萨奇病毒A6型(CA6)阳性与肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(CA16)阳性手足口病患儿的临床特征。方法选取商洛市中心医院2014年1月至2016年12月收治的1 528例手足口病患儿,通过实时荧光定量聚合酶链反应法检测患儿肠道病毒核酸,以分析CA6、EV71、CA16三种病毒引起的手足口病患儿的临床特征。结果在1 528例手足口病患儿中,经病原学确诊出374例CA6阳性患儿、673例CA16阳性患儿、481例EV71阳性患儿。CA6阳性患儿发病平均年龄(t值分别为6.34、5.85)、齿龈部疱疹分布(χ~2值分别为5.65、5.23)均低于CA16、EV71阳性患儿(均P<0.05),且发热分布均高于CA16、EV71阳性患儿(χ~2值分别为8.56、8.23,均P<0.05)。CA6阳性患儿C反应蛋白和WBC升高分布均高于CA16、EV71阳性患儿(χ~2值分别为5.34、5.89;6.34、6.83,均P<0.05)。结论 CA6已发展成一种手足口病患儿新型的流行病原,且其临床特征与因EV71及CA16引起的手足口病有所不同,可作为临床诊断的依据。