课程整合的实施面临五大问题：①学校教育观念相对滞后；②教师手中没有合适的软件；③教师的计算机应用水平还很不够；④如何利用信息技术来开展教学活动是课程整合的终极目的。这更是有待探索的重大问题。正是由于这些客观原因的存在，长期以来，课程整合仅仅是在研究评比课中出现的比较多，而经常性的教学工作中还难以推广。要真正在学科教学中开展信息技术与课程的整合，解决这几个方面的问题将是当务之急。
　　一、观念的转变
　　观念的转变是实施课程整合的一个重要条件。在传统教学中，信息技术课程要教给学生的仅仅是信息技术知识，与其他学科没有多大联系，教师往往仿照传统教学中其他学科的教学，教给学生书面知识，教完教学任务。而在课程整合过程中，不仅要教给学生信息知识，更重要的是让学生掌握信息技术的使用，提高学生解决问题的能力和学习能力。它要求教师必须改变旧的教学观念，要将信息技术课程与其他学科联系起来，将信息技术作为工具应用于其他学科的教学和学习，更好的提高教学效率和学习效率。
　　二、软件问题
　　目前我国教育软件的种类还不够多，教学实用性比较差。有些学校为了上计算机辅助教学课需要老师自己开发软件。有些部门组织的“软件评选”还一定要求是上课教师自己参与开发的“软件”，我们认为这种倾向未必可取。因为老师很难把过多的精力投入到开发软件上，并且作为教师个人甚至个别学校是很难开发出能充分发挥计算机作用和体现学科教学思想的教育软件的。相反，如果教师把大量的时间和精力都投入到软件开发上，就不能将主要精力放在教学研究上来。因此，“课程整合”的概念强调：教师最重要的任务不是开发软件，而是如何应用软件。
　　校园网资源库建设是解决课程整合中软件不足的最佳对策，尤其是建立适合教师学生教学学习应用，内容丰富，资源容量广泛，而且能够不断随着教学内容容量增加而不断进行更新的网络资源库。
　　三、教师培训问题
　　回顾我国计算机辅助教育发展的历史，主要矛盾有三次转移，在刚开始时，主要矛盾在于硬件缺乏，没有足够的硬件供教师的教学活动使用；当硬件问题得到缓解后，主要矛盾转变为缺乏能够在教学中应用的软件；现在，已经出现了一些优秀的教学软件，但也同样难以在学校中推广使用，其原因是各学科教师使用计算机的意识还比较差，计算机应用水平也不够高，从而很难在自己的教学中应用这些软件。
　　可以说，提高各学科教师的计算机意识和应用水平已经成为当前最为紧迫的问题。世界范围内的计算机教育实践也得出了类似的结论：在教育改革过程中，包括推广计算机教育的过程中，无论把师资培训工作看的多么重要都不过分。这里所说的师资培训不是指计算机操作技能的培训，更不是指要培训教师开发软件，而是指立足于在掌握现在教育和教育技术理论的基础之上的应用。
　　师资培训工作应该包括三个方面：计算机意识、知识、技能与态度，学科教育理论与学科最新发展，教育技术和教育心理学的理论与实践。第一方面主要解决教师操作计算机的问题，使教师能够熟练的使用计算机，真正把计算机当作自己备课、授课、组织学生活动的工具；第二方面主要是加强老师的学科修养，并且帮助老师进一步地把握学科教育的目的和本质；第三方面主要解决如何用现代教育手段更好的达到教学目的的理论问题。这三个方面不解决，计算机辅助教学就不可能真正的搞好。要搞好“课程整合”，就要把师资培训工作作为重中之重来抓，不遗余力地开展好这项工作，才可能实现目标。
　　四、技术与课程整合的问题
　　当老师掌握了信息技术后，老师的能力就会被大大扩展了。教师可以通过网络与学生进行交流，而不必担心时间和空间的距离；可以从光盘数据中快速地查找所需的内容，而不必去图书馆；可以方便地在课堂上通过多媒体手段进行演示；通过让学生在计算机上自主地操作，可以组织学生的探索和学习活动等。这些客观上为“课程整合”提供了广阔的活动空间。然而，近年来，国内外的计算机辅助教学实验表明：即使有了合适的软件，教师对技术也比较熟悉，教师也并不一定能很好地应用这些软件来支持自己的教学。因此，如何在教育中适当的使用技术，使技术充分发挥作用，提高教学效率、突破重点难点，甚至在技术的支持下改革先有的教学方法、教学内容和教学观念，就是又一个极为重要的也是课程整合中所要彻底研究和解决的问题。
　　所谓课程整合，就是要把各种技术手段完美、恰当地融合到课程中，就像在教学中使用黑板和粉笔一样自然、流畅。要达到“课程整合”的目标，老师不仅要熟练掌握技术手段，更重要的是要深刻了解教育的本质，了解本学科教学的根本目的，了解教学中的难点所在，了解传统教学的有点和局限性，结合技术所提供的能力更好地进行教学活动。课程整合是一个长期而艰巨的任务。然而，随着课程整合实验的深入进行，必将提高教师使用现代技术的意识和现代教育观念，必将大大提高教学效率，必将改变传统的教学模式，进而大大推动中小学教育改革的进程。