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当前高校正在实施国库集中支付制度，它对高校财务管理产生了较大影响。新制度的实施强化了高校的预算管理，规范了高校财务管理，降低了高校的财务风险，提高了高校的财务工作信息化进程。但同时也存在影响高校办学自主权的落实和法人地位的确立，信息系统不完善，学校资金运作和经费筹集难度加大等一系列问题。应重视高校的预算管理，建立适用国库集中支付的电子信息管理系统，健全监督制约机制等。