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本研究应用小随体标记对水稻杂种进行了印迹分析，评价了亲本品系内的变异，测定了杂种种子的遗传纯度。共用10个STMS标记对11个水稻杂种及其亲本进行了印迹分析。有9个STMS具有多态性，对于11个杂种都有独特的印迹。一组4个标记(RM206、RM216、RM258和RN2263)能区分所研究的全部杂种，它们可用作确切鉴定和保护这些杂种的指定标记。应用UPGMA以Jaccard相似系数为基础的聚类分析将杂种划分为3个类群。