继首届海峡两岸图书交易会在厦门成功举办之后，第二届交易会于2006年9月20日至24日在台北世贸中心展览二馆举办。新闻出版总署派出了303人的两岸交流史上最大规模的展团参展。
　　本届交易会展厅面积6800余平方米，设精品展示、图书销售和版权贸易3个区，展位330个，参展单位共460家（大陆196家，台湾264家），展示图书共13万种50余万册，五天展会期间，现场销售图书470多万人民币码洋。其中，大陆展团无论是在展馆面积、参展人数、图书品种和数量，还是图书销售金额上，都是两岸出版交流史上前所未有的，也是一次成功的“文化入岛”行动。由于是图书交易会首次在台湾举办，因此面临的政治敏感、政策性强、防控难度大、操作层面问题多的复杂局面，也是以往展会所没有的。为了确保展会顺利进行，主办方进行了周密的准备，除了做好各方面问题的处理预案之外，还指派先遣组提前入台做好安排；将303人的大型参访团划分为9个分团34个小组，实行分级管理；严格对新闻报道进行把关等。一系列有针对性的措施，确保了展会期间的纪律和安全。
　　大陆303人的庞大参展团和2000余万元人民币码洋的图书集中入岛，以及丰富多彩的交流活动，在台湾引起了极大的反响。在大陆展区参观和购书的专业人士和普通读者始终络绎不绝，一次性花几千元人民币购买几十册大陆图书的民众不在少数。除了图书展销之外，主办方还精心安排了大陆图书精品展示、向相关图书馆赠书、海峡两岸图书交易与发展高峰论坛、两岸知名作家签名售书、“魅力福建摄影图片展”和图书版权签约仪式等多项活动。大陆各出版单位也与台湾业界组织了不同内容的交流研讨活动。
　　据统计，展会3天期间，前往主会场参观、购书和交流的业内人士和读者达22万余人次，图书销售刷新纪录。图书馆采购效益显著，合同签约达4000万码洋。交易会现场销售采样量近150万册，约4100万码洋人民币，比第三届增长超过1倍，创下海峡两岸图书交易会的历史新高。文史类图书、教育、法律及大部头古籍受到团体订购单位青睐，订单量显著增加。展场图书零售码洋230余万元，现场签售图书超万册，台版图书零售码洋约36万元,各参展商对销售情况均较为满意，图书交易大平台作用更加凸显。
　　与首届相同，本届交易会依然吸引了境内外多家媒体的关注。其中，厦门广播电台和台湾亚洲广播网联合在交易会现场开辟了广播节目直播间，这是两岸广播媒体首次在台的联合直播，实现了两岸广播合作的历史性突破。
　　值得一提的是，本届图书交易会销售的2000万人民币码洋图书，全部以五折让利给台湾销售商。如果仅靠市场运作，承办单位将承受着很大的经济压力。对此，中宣部、新闻出版总署、国台办和省、市各级政府对本届书展在办展经费等方面都给予了必要的扶持，确保了交易会的成功举办。可见，在两岸文化交流方面，政府的必要支持发挥着极其重要的作用。
　　作为图书交易会在台湾的首次亮相，本届展会还存在双向交流较单薄等方面的不足。但毋庸置疑的是，作为一次成功的“文化入岛”行动，本届交易会依然实现了两岸交流的诸多突破。