CNV-seq联合qPCR对单一基因NRXN1部分缺失的产前诊断

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目的

分析7例低深度全基因组测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检出仅涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失胎儿的遗传学检查结果、拷贝数变异(copy number variation, CNV)来源及妊娠结局,为产前诊断和遗传咨询提供依据。

方法

7例产前诊断样本均通过CNV-seq检测发现2p16.3杂合缺失,进一步通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)进行验证,明确涉及的NRXN1基因缺失的具体区域,并对CNV进行父母验证和妊娠结局的随访。

结果

在16 502例样本中共检出7例胎儿染色体2p16.3区存在120 ~ 900 kb的微缺失,发生率为0.424‰。该区域主要位于2号染色体的50 200 000-51 880 000位置,仅覆盖了NRXN1基因。qPCR验证了7例胎儿的CNV,其中2例涉及NRXN1基因第1 ~ 6外显子杂合缺失,1例涉及第1 ~ 19外显子杂合缺失,1例涉及第19 ~ 22外显子杂合缺失,3例涉及第6 ~ 7内含子杂合缺失。亲代验证发现父源性1例,母源性1例,新发2例,其余3例拒绝亲代验证。经随访,除1例引产,1例尚未出生外,其余5例均健康出生,年龄5个月~ 3岁,均未发现NRXN1相关的精神发育异常。

结论

CNV-seq检出7例胎儿涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失,经qPCR验证NRXN1基因的具体缺失位置,通过结合CNV来源、家系分析以及妊娠结局,对每个家庭进行了个体化的遗传咨询及生育指导。

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