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肠道菌群对人和动物的健康至关重要,具有多种生理功能,一旦菌群失调就会导致各种疾病。中药多数是以口服的形式进入消化道,因此肠道内的微生物对中药的代谢发挥着重要的作用;同时,许多中药对肠道菌群的平衡产生影响。从疾病与肠道菌群状态的关系,中药对肠道菌群的调节作用,肠道菌群对中药代谢的影响以及宏基因组学等研究方法进行综述,为研究中药与肠道菌群相互影响提供参考。