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医药制造业是影响人民健康的重要产业，技术创新能力是医药制造业发展的源泉，本文的研究目的在于通过影响医药制造业技术创新能力的投入、产出、潜力和环境的因素，建立有效反应医药制造业技术创新能力的评价指标，并在SPSS统计分析软件中使用聚类分析的方法，对2015和2016年31个省市自治区的医药制造业技术创新能力进行聚类分析，客观的评价结果，了解我国制药行业技术创新能力的现状和发展方向，并根据评价内容的优缺点提出建议和对策。