小麦孕穗期对低温非常敏感，低温胁迫后外源喷施6-苄氨基腺嘌呤（6-BA），能够缓解低温胁迫对小麦造成的伤害，通过转录组测序技术分析6-BA提高小麦抗寒性的分子机制。选用低温敏感型品种皖麦52和低温迟钝型品种烟农19为试验材料，在孕穗期低温胁迫后喷施20 mg L-1的6-BA溶液，以喷施等量蒸馏水处理为对照。观察幼穗形态，并测定幼穗可溶性糖含量和淀粉含量。再通过转录组测序筛选并分析差异表达基因，探究差异表达基因的功能及可能参与的调控通路，采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。外源6-BA处理10 d后，与对照相比小麦幼穗形态发育良好，可溶性糖、淀粉含量均升高。转录组结果表明，在皖麦52和烟农19中分别鉴定出22，770个和9866个差异基因，其中有661个基因在两个品种中均上调，从中筛选出了ARF5、AGPL1、1-SST、SWEET15等基因，这些基因与调节植物激素水平、淀粉合成、糖代谢等有关。对筛选出的差异基因进行GO和KEGG富集分析。GO注释表明皖麦52和烟农19差异基因的功能都主要富集于细胞结构稳定性、代谢、催化活性等。KEGG富集分析表示信号转导、内源激素水平的调节、碳代谢、膜结构和功能的改变等途径发生显著变化。选择部分候选基因对其表达模式进行qRT-PCR分析，结果说明RNA-seq数据准确。综上所述，6-BA可以通过调节小麦内部抗氧化物质代谢、激素信号转导、碳水化合物代谢、渗透调节等途径缓解低温损伤，研究结果可为探索减轻春季低温对小麦伤害的栽培措施提供理论基础。