目的基于高通量测序技术,建立靶向测序和鸟枪法测序相结合的致病菌筛查方法,以期用于临床感染标本中可疑致病菌的快速检测。为临床治疗提供参考。方法通过计算机模拟建立分析策略并研究其可行性,然后通过已知细菌进行验证;应用该方法对临床样品进行检测,分析样品中可疑的致病菌。结果在计算机模拟分析的四组标本中,相对应的细菌种属的reads检出比例在总细菌reads数中均为最高。在用已知细菌进行验证的结果中,四种细菌相对应的属reads比例均达到标本总reads数的88%以上,种reads比例均达到标本总reads数的51%以上;三个真菌标本中相对应的真菌属reads比例均达到标本总reads数的91%以上,种reads比例均达到标本总reads数的40%以上。四个细菌样本和三个真菌样本相对应的细菌和真菌属reads和种reads检出比例分别是对应样本中含量最高的属和种,与实际操作的细菌投入量基本相符。计算机模拟分析和用已知细菌测试结果表明,利用16S/ITS全长序列扩增产物进行打断建库可用于细菌和真菌的检测。将rDNA靶向测序和鸟枪法测序相结合,在临床脑脊液中检出红球菌和假单胞菌,在血液和唾液中检出金黄色葡萄球菌。结论靶向测序提高了检测的灵敏性,rDNA靶向测序和鸟枪法测序结果相互印证,提高了病原体检测的准确性。两种测序方法相结合用于病原体检测更加合理有效。