[目的]明确农用链霉素、苯醚甲环唑和代森锌对黄瓜内生细菌群落多样性的影响。[方法]采用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析3种杀菌剂对黄瓜根、茎、叶的内生细菌群落多样性的影响。[结果]黄瓜根、茎中的内生细菌种群比较丰富,而叶片中则较少。3种杀菌剂处理后,黄瓜茎、叶的内生细菌多样性指数减少,根部则有所升高,处理后1~5 d内生细菌的种群变化达到最大,14 d后趋于稳定。T-RFLP分析得出黄瓜根、茎、叶中优势的T-RFs片段有222、2833、26 bp,可知拟杆菌门,厚壁菌门,α-和β-变形细菌是优势种群。在叶片中,经杀菌剂处理后有6个T-RFs片段消失(如151、193、203、2433、05 bp和326 bp),可知变形菌门和厚壁菌门中的一些细菌对杀菌剂比较敏感。[结论]农用链霉素对内生细菌的多样性影响最大,苯醚甲环唑次之,代森锌的影响最小。杀菌剂对黄瓜叶片的内生细菌群落作用最为直接。